Abstract

JARAMILLO-ECHEVERRY, Adriana; RIVERA-FRANCO, Nelson  and  PARRA-PATINO, Beatriz. Un análisis secundario de datos metagenómicos públicos identifica patógenos periodontales en el microbioma oral, pero no en el intestinal. Odovtos [online]. 2025, vol.27, n.2, pp.70-83. ISSN 2215-3411.

El microbioma oral, particularmente los periodontopatógenos, puede influir en el microbioma intestinal. El objetivo de este estudio fue evaluar la correspondencia, diversidad y abundancia de bacterias periodontopatógenas en muestras orales y fecales de adultos sanos. Este fue un análisis secundario de 12 secuencias públicas de un estudio previo, provenientes de 6 mujeres sanas, emparejadas por sitio anatómico (intestino y cavidad oral), utilizando metagenómica basada en 16S rRNA. Las secuencias se obtuvieron del BioProject PRJNA834584, publicado por la Universidad China de Hong Kong, y los datos fueron generados mediante Illumina MiSeq. La aplicación Shaman, basada en Vsearch y DESeq2 para R, junto con la base de datos Silva, permitió determinar la abundancia diferencial y diversidad a nivel de especies y géneros entre los sitios anatómicos. Tras la desreplicación y eliminación de singletons y quimeras, se identificaron 352 OTUs. La asignación taxonómica resultó en 148 géneros y 80 especies, correspondientes al 88.64% y 25.85% de las anotaciones, respectivamente. El dendrograma mostró dos grupos distintos que separaban las muestras orales y fecales, y el análisis de coordenadas principales explicó el 53.7% de la varianza por sitio anatómico (prueba Permanova, p=0.003). El índice de diversidad de Shannon fue de 2.14 (IC 95%: 1.55-2.73) en muestras fecales y de 2.28 (2.03-2.53) en muestras orales. El índice de Simpson fue de 0.70 (0.53-0.88) para muestras fecales y de 0.82 (0.76-0.88) para muestras orales. Las bacterias periodontopatógenas se encontraron únicamente en las muestras orales, con variaciones en frecuencia. No se detectaron especies periodontopatógenas en las muestras fecales. El microbioma humano de dos nichos diferentes, en adultos sanos, muestra composiciones bacterianas distintas entre la cavidad oral y el intestino, siendo Bacteroides predominante en muestras fecales y Streptococcus en orales, con mayor riqueza en las muestras fecales. Ambos microbiomas mostraron alta diversidad bacteriana, sin diferencias significativas.

Keywords : Microbioma humano; ARN ribosómico 16s; Metagenómica.

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