Introducción.

La población ganadera de Costa Rica es altamente diversa debido a la variedad de sistemas de producción, el cruzamiento continuo y el incremento de las importaciones genéticas. Bajo estas circunstancias, los modelos de mezcla podrían ser más eficientes para describir la estructura genética de esta población, a diferencia de árboles filogenéticos basados en poblaciones predefinidas. Objetivo. Modelar la estructura genética de la población bovina costarricense mediante modelos de mezcla genética supervisados y no supervisados. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de pelo de 1412 bovinos seleccionados al azar de 744 hatos en 8 regiones de Costa Rica en el año 2015 y genotipados para 18 marcadores microsatélites. Se compararon dos enfoques que hacen uso de modelos de mezcla genética: un escenario no supervisado, basado exclusivamente en datos de genotipo, y un escenario supervisado, que se basó en datos genéticos asistidos por información previa sobre fenotipo y propósito de producción. Resultados. El análisis de datos genéticos bajo ambos escenarios proporcionó resultados similares cuando el número de conglomerados (K) fue menor a cinco, aunque las estimaciones del modelo supervisado fueron más homogéneas y con menores desviaciones estándar. Las subpoblaciones definidas a priori se distribuyeron consistentemente entre los conglomerados en ambos escenarios. La agrupación de subpoblaciones más probable se obtuvo para K = 3, que separó principalmente las razas Bos indicus, Jersey y otras razas Bos taurus. Los tipos de raza se agruparon de manera concordante con la agrupación de razas, lo que arrojó luz sobre la estructura genética de la población. Conclusiones. La combinación de modelos de mezcla genética bajo un enfoque supervisado proporcionó los resultados más consistentes, lo que revela la importancia de considerar las interrelaciones genético-ambientales para lograr una descripción más precisa de la estructura genética de la población bovina de Costa Rica.