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Revista de Matemática Teoría y Aplicaciones

Print version ISSN 1409-2433

Rev. Mat vol.18 n.1 San José Jun. 2011

 

Heurística para solucionar el problema de alineamiento múltiple de secuencias

Heuristic for solving the multiple alignment sequence problem

Roman Anselmo Mora–Gutiérrez*
Javier Ramírez–Rodríguez
Mayra Elizondo–Cortés

*Posgrado en Ingeniería de Sistemas, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional Autónoma de México, Avenida Insurgentes Sur sin número, Col. Copilco Universidad, Del. Coyoacán, 04360, México D. F. E-Mail: ing.romanmora@gmail.com
†Departamento de Sistemas, Universidad Autónoma Metropolitana - Azcapotzalco. Avenida San Pablo 180, Colonia Reynosa Tamaulipas, 02200 México D. F. E-Mail: jararo@correo.azc.uam.mx
‡Posgrado en Ingeniería de Sistemas, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional Autónoma de México, Misma dirección que/same address as Mora-Gutiérrez, E-Mail: mayra.elizondo@hotmail.com

Dirección para correspondencia


Resumen

En el presente trabajo se desarrolló un nuevo algoritmo para resolver el problema de alineamiento múltiple de secuencias (AMS) que es un híbrido basado en las  metaheurísticas de búsqueda de armonía (HS) y recocido simulado (RS). Éste fue validado con la metodología de Julie Thompson. Es un algoritmo básico y los resultados  obtenidos durante esta etapa son alentadores.

Palabras clave: alineamiento múltiple de secuencias, búsqueda de la armonía,  metaheurística híbrida, recocido simulado.

Abstract

In this paper we developed a new algorithm for solving the problem of multiple  sequence alignment (AMS), which is a hybrid metaheuristic based on harmony search  and simulated annealing. The hybrid was validated with the methodology of Julie  Thompson. This is a basic algorithm and and results obtained during this stage are encouraging.

Keywords: multiple sequence alignment, harmony search, hybrid metaheuristic, simulated annealing.

Mathematics Subject Classification: 90C59.



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Correspondencia a: Roman Anselmo Mora–Gutiérrez. Posgrado en Ingeniería de Sistemas, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional Autónoma de México, Avenida Insurgentes Sur sin número, Col. Copilco Universidad, Del. Coyoacán, 04360, México D. F. E-Mail: ing.romanmora@gmail.com
Javier Ramírez–Rodríguez. Departamento de Sistemas, Universidad Autónoma Metropolitana - Azcapotzalco. Avenida San Pablo 180, Colonia Reynosa Tamaulipas, 02200 México D. F. E-Mail: jararo@correo.azc.uam.mx
Mayra Elizondo–Cortés. Posgrado en Ingeniería de Sistemas, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional Autónoma de México, Misma dirección que/same address as Mora-Gutiérrez, E-Mail: mayra.elizondo@hotmail.com

Received: 18 Feb 2010; Revised: 11 Nov 2010; Accepted: 19 Nov 2010

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