Revista de Biología Tropical

Diversity of moths and butterflies of the southwestern region of Costa Rica

Abstract Introduction: The Costa Rican southwestern region is considered one of the neotropical biodiversity hotspots. This geographically isolated forest embraces a rich diversity of moths and butterflies, which is still unknown for the most part. Objectives: (a) Describe and compare the diversity of moths and butterflies among different localities of the southwestern Costa Rican region, and (b) identify information gaps in this group of insects. Methods: Data for this study were collected in 12 different localities by parataxonomists and taxonomists for the national inventory of biodiversity led by INBio (National Biodiversity Institute) using different trap types, but relying mainly on light traps. We compared alpha and beta diversity of moths and butterflies among the six localities (Cortés, Piedras Blancas, Rancho Quemado, Agujas, Los Patos, Sirena) with more extensive sampling. Results: The dataset consisted of 78 747 specimens, of which 2 096 were identified only to the order level. The remaining 76 650 specimens were classified to the family level (n = 48 families), genus, species, or morphospecies. Species and morphospecies were distributed across 37 families. The alpha and beta diversity varied across localities for the 12 families of moths and butterflies that were present in the six localities selected. In general, Piedras Blancas, Rancho Quemado, and Sirena stand out as the most diverse localities. The richness of species varied among different families. For most families Agujas, Los Patos, and Sirena contained more species, but some other families showed a different pattern. Conclusion: Differences in the diversity of moths and butterflies over a northern-southern gradient likely correspond to species (individuals within species) adapted to different biotic (e.g., availability of host plants and food resources) and abiotic (e.g., microclimatic conditions associated to the complex topography of the region) conditions. Despite the large effort made by INBio in knowing and mapping the biodiversity of Costa Rica, and the economic and biological importance of the biodiversity, there are still a huge number of species to be known, named, and properly used.

Resumen Introducción: La región suroeste de Costa Rica es considerada una de las áreas más diversas en el neotrópico. Este bosque, geográficamente aislado, alberga una rica diversidad de polillas y mariposas, aunque en gran parte aún desconocida. Objetivo: (a) Describir y comparar la diversidad de polillas y mariposas entre diferentes localidades de la región suroeste de Costa Rica, e (b) identificar vacíos de información en este grupo de insectos. Métodos: Los datos para este estudio fueron recolectados en 12 localidades diferentes por parataxónomos y taxónomos para el inventario nacional de biodiversidad dirigido por el INBio (Instituto Nacional de Biodiversidad), utilizando diferentes tipos de trampas. Se comparó la diversidad alfa y beta de polillas y mariposas entre las seis localidades (Cortés, Piedras Blancas, Rancho Quemado, Agujas, Los Patos, Sirena) con un muestreo más extenso. Resultados: El conjunto de datos consistió en 78 747 especímenes de los cuales 2 096 se identificaron solo a nivel de orden. Los otros 76 650 especímenes se asignaron a familia (n = 48 familias), género, especie o morfoespecie. Especies y morfoespecies fueron asignados a 37 familias diferentes. La diversidad alfa y beta varió entre localidades para las 12 familias de polillas y mariposas presentes en las seis localidades seleccionadas. En general, Piedras Blancas, Rancho Quemado y Sirena destacaron como las localidades más diversas. La riqueza de especies varió entre diferentes familias. Para la mayoría de las familias, Agujas, Los Patos y Sirena tuvieron más especies; algunas otras familias mostraron un patrón diferente. Conclusión: Las diferencias en la diversidad de polillas y mariposas a lo largo de un gradiente norte-sur probablemente responden a especies (individuos dentro de las especies) adaptadas a diferentes condiciones bióticas (ej.: disponibilidad de plantas huésped y recursos alimentarios) y abióticas (ej.: condiciones microclimáticas asociadas a la compleja topografía de la región). A pesar del gran esfuerzo realizado por el INBio para conocer y mapear la biodiversidad de Costa Rica, y la importancia económica y biológica de la biodiversidad, aún hay un gran número de especies por conocer, nombrar y utilizar adecuadamente.

Effect of elevation, habitat, and season in butterfly (Lepidoptera: Papilionoidea) assemblages in a tropical mountain

Abstract Introduction: Spatial and temporal variation in the environment promotes biological diversity. However, the combined effects of elevation, seasonality, and habitat on butterfly diversity and abundance are still underexplored in rural tropical ecosystems. Butterflies, as bioindicators, offer an excellent opportunity to assess environmental impacts due to their sensitivity to habitat changes. Objective: This study aimed to evaluate the variation in butterfly abundance and species richness across different habitats, elevations, and seasons in a rural tropical mountain landscape in Costa Rica. Methods: The study was conducted over six months, encompassing both the dry and rainy seasons. Butterflies were sampled along an elevational gradient (1 200, 1 500, and 1 800 m) across two habitat types: grasslands and riparian forests. Sampling methods included hand nets and fruit baits along each transect and at each site over the six-month period. We made six visits to each site, with seven transects sampled per visit to capture butterflies. A total of 1 421 individuals representing 151 species were recorded. Results: The Nymphalidae family exhibited the highest species richness and abundance. Butterfly abundance decreased with increasing elevation, but patterns of species richness varied by family. Seasonal variation significantly affected both abundance and richness, with higher values recorded during the rainy season. Based on local abundance, rare species were more commonly found in riparian forests at higher elevations during the wet season. Habitat did not significantly influence overall butterfly abundance or richness. Conclusions: Seasonality and elevation influence butterfly populations in tropical mountain ecosystems. The lack of a significant habitat effect suggests that other ecological variables may mediate the impact of habitat on butterfly communities. Further studies are required to clarify these dynamics, particularly the role of habitat heterogeneity.

Resumen Introducción: La variación espacial y temporal en el ambiente promueve la biodiversidad biológica. Sin embargo, los efectos combinados de la elevación, la estacionalidad y el hábitat sobre la diversidad y abundancia de mariposas aún no han sido completamente explorados en ecosistemas tropicales rurales. Las mariposas, como bioindicadores, ofrecen una excelente oportunidad para evaluar los impactos ambientales debido a su sensibilidad a los cambios en el hábitat. Objetivo: Este estudio tuvo como objetivo evaluar la variación en la abundancia de mariposas y la riqueza de especies a través de diferentes hábitats, elevaciones y estaciones en un paisaje montañoso tropical rural en Costa Rica. Métodos: El estudio se llevó a cabo durante seis meses, abarcando tanto la temporada seca como la lluviosa. Se muestrearon mariposas a lo largo de un gradiente elevacional (1 200, 1 500 y 1 800 m) en dos tipos de hábitat: praderas y bosques riparios. Los métodos de muestreo incluyeron redes manuales y cebos de frutas en cada transecto y en cada sitio durante seis meses. Se realizaron seis visitas a cada sitio, con siete transectos muestreados por visita para capturar mariposas. Se registraron un total de 1 421 individuos representando 151 especies. Resultados: La familia Nymphalidae presentó la mayor riqueza de especies y abundancia. La abundancia de mariposas disminuyó con el aumento de la elevación, pero los patrones de riqueza de especies variaron según la familia. La variación estacional tuvo un efecto significativo sobre la abundancia y la riqueza, con valores más altos registrados durante la temporada de lluvias. Según la abundancia local, las especies raras se encontraron más comúnmente en bosques riparios a mayores elevaciones durante la temporada húmeda. El hábitat no influyó significativamente en la abundancia general de mariposas ni en la riqueza. Conclusiones: La estacionalidad y la elevación son factores clave que influyen en las poblaciones de mariposas en los ecosistemas montañosos tropicales. La falta de un efecto significativo del hábitat sugiere que otras variables ecológicas pueden mediar los impactos del hábitat. Se requieren más estudios para esclarecer estas dinámicas, particularmente el papel de la heterogeneidad del hábitat.

Temporal changes in the diversity and abundance of stingless bee nests in an urbanized environment

Abstract Introduction: Increasing urbanization has endangered many species to an unknown extent. Stingless bees (Apidae: Meliponini) are highly important pollinators of tropical plants. Some species are well adapted to urban areas and use man-made structures to build their nests. In Costa Rica, there are 59 stingless bee species, but no account of their urban richness and abundance has ever been made. Objective: To describe the composition and dynamics of the social bee community on the campus of the University of Costa Rica in San José over a six-year period. Methods: We systematically searched for stingless bee nests (active colonies) in trees, buildings, walls and other man-made infrastructure within a 31-hectare section of the campus in 2016 and 2022. We investigated species-specific nest heights and the host plant species chosen for nesting. Results: A maximum of 86 active nests were identified, consisting of five species of five genera (Lestrimellita, Partamona, Scaptotrigona, Tetragonisca, and Trigona). From 2016 to 2022, the stingless bee abundance increased by 26.5 %, but the species composition remained the same. Tree cavities were the most attractive nesting locations, and their use increased within the sampling period. Overall nest survival was >64.3 % for the study period. Conclusion: All bee species utilized a variety of tree species, but strangler figs (Ficus spp., Moraceae) were the most important for nest construction. Nest height depended on the species and architecture. This work provides a framework for future studies on tropical social bee communities in urban areas and offers valuable information on their nesting biology in this habitat.

Resumen Introducción: La creciente urbanización ha puesto en peligro de extinción a muchas especies en una medida desconocida. Las abejas sin aguijón (Apidae: Meliponini) son polinizadores muy importantes de plantas tropicales. Algunas especies están bien adaptadas a las áreas urbanas y utilizan estructuras artificiales para construir sus nidos. En Costa Rica, hay 59 especies de abejas sin aguijón, pero nunca se ha realizado un recuento de su riqueza y abundancia en áreas urbanas. Objetivo: Describir la composición y dinámica de la comunidad de abejas sociales en el campus de la Universidad de Costa Rica en San José, durante un período de seis años. Métodos: Buscamos sistemáticamente nidos (colonias activas) de abejas sin aguijón en árboles, edificios, paredes y otra infraestructura artificial dentro de una sección de 31 hectáreas del campus en 2016 y 2022. Investigamos las alturas de los nidos de cada especie y las especies de plantas elegidas para anidar. Resultados: Se identificó un máximo de 86 nidos activos que pertenecían a cinco especies de cinco géneros (Lestrimellita, Partamona, Scaptotrigona, Tetragonisca y Trigona). De 2016 a 2022, la abundancia de abejas sin aguijón aumentó un 26.5 %, pero la composición de especies se mantuvo igual. Las cavidades de los árboles fueron los lugares de anidación más atractivos y su uso aumentó durante el período de muestreo. La supervivencia de los nidos fue >64.3 % durante el período de estudio. Conclusión: Todas las especies de abejas utilizaron una variedad de especies de árboles, pero los higuerones estranguladores (Ficus spp., Moraceae) fueron los más importantes para la construcción de nidos. La altura del nido dependió de la especie y su arquitectura. Este trabajo proporciona un marco para futuros estudios sobre comunidades sociales de abejas tropicales en áreas urbanas y ofrece información valiosa sobre su biología de anidación en este hábitat.

Diversity and abundance of insect visitors in four crops within a Costa Rican highland region

Abstract Introduction: The interaction between plants and pollinators is vital for the reproduction of approximately 90 % of angiosperms and directly affects ecosystems and agriculture. In tropical regions, 94% of plants require animal pollinators, and in Latin America, 58% of crops depend on pollination by insects. The stability and complexity of plant-pollinator interactions are influenced by several factors, such as floral morphology, which influences nectar accessibility and pollinator specialization. Objective: To compare the diversity and abundance of insect floral visitors in avocado, apple, plum, and blackberry crops in San Gerardo de Dota, Costa Rica. Methods: We systematically collected flower-visiting insects in these crops and identified them taxonomically to the lowest possible level. We then estimated alpha diversity for each crop and compared the community composition (beta diversity) of visiting insects among crops. Results: In 12 sampling visits, we collected a total of 2806 insects from 75 families across all four crops. Alpha diversity was greater in the avocado crop for all three indices (0D, 1D, and 2D). Apis mellifera was the most abundant species in all four crops, but Diptera was the most common group of visiting insects in avocado, particularly flies from the Syrphidae, Muscidae, Calliphoridae, Sarcophagidae, Sciaridae, and Tachinidae families. The insect community of the avocado crop was different from that of the apple, plum, and blackberry crops; however, the insect composition of the other crops was similar. Conclusions: The avocado crop is generalist in terms of floral visitors; this may be attributed to the size of the flower corolla, as flies with short mouthparts usually choose to feed on flowers with small corollas. Flowers of the other crops have similar morphology and are mainly visited by bees. The native entomofauna are abundant on the crop flowers, likely playing an important role as pollinators.

Resumen Introducción: La interacción entre plantas y polinizadores es vital para la reproducción del 90 % de las angiospermas y afecta tanto a los ecosistemas como a la agricultura. En regiones tropicales, el 94 % de las plantas requieren polinizadores, y en América Latina, el 58 % de los cultivos dependen de la polinización por insectos. La estabilidad y complejidad de estas interacciones están influenciadas por factores como la morfología floral, que afecta la accesibilidad al néctar y la especialización de los polinizadores. Objetivo: Comparar la diversidad y abundancia de insectos visitantes florales en cultivos de aguacate, manzana, ciruela y mora en San Gerardo de Dota, Costa Rica. Métodos: Se muestrearon sistemáticamente insectos visitantes en estos cultivos, identificándolos taxonómicamente al nivel más bajo posible. Se estimó la diversidad alfa para cada cultivo y se comparamos la composición de la comunidad (diversidad beta) de insectos visitantes entre cultivos. Resultados: Se recolectaron 2 806 insectos de 75 familias en los cuatro cultivos en 12 giras. La diversidad alfa fue mayor en aguacate para los índices 0D, 1D y 2D. Apis mellifera fue la especie más abundante, pero Diptera fue el grupo predominante en aguacate, especialmente moscas de las familias Syrphidae, Muscidae, Calliphoridae, Sarcophagidae, Sciaridae y Tachinidae. La comunidad de insectos en aguacate fue diferente a la de los otros cultivos, mientras que en los otros tres la composición fue similar. Conclusiones: El aguacate es generalista en términos de visitantes florales, posiblemente debido al tamaño de su corola, que atrae a moscas con piezas bucales cortas. Las flores de los otros cultivos tienen morfologías similares y son visitadas principalmente por abejas. La entomofauna nativa es abundante en estos cultivos, probablemente desempeñando un rol clave como polinizadores.

Floral visitor diversity of ruderal plants in San Gerardo de Dota, Costa Rica: a highland agricultural-natural landscape

Abstract Introduction: Wild plants rely mainly on insects for pollination, and many of these plants are essential to maintaining a diverse and abundant community of crop insect-pollinators. In Costa Rican highland ecosystems, the diversity and abundance of insect floral visitors have been poorly studied, despite their importance and proximity to crops in this area. Objective: to determine the richness and composition of floral visitor insect species of native and ruderal herbaceous plants close to cultivated areas in San Gerardo de Dota, Costa Rica. Methods: We systematically collected flower-visiting insects along transects in two different sites and identified them to the lowest taxonomic level. We estimated alpha diversity for each season and 11 plant groups created specifically for this study. We defined these plant groups based on flower morphology, life history traits, and their taxonomic relatedness. We also compared the insect community composition across seasons and plant groups. Results: We collected a total of 1306 insects, mainly flies (Diptera), from 62 families on 46 plant species during 12 sampling visits. Insect diversity (alpha diversity) increased during the rainy season, possibly because resources (e.g., food and reproductive sites) for flies increase during this season. Insect species composition varied among plant groups. The most abundant insect communities overlapped extensively among plant groups, but other communities compose mainly by some tachinids, chloropids and wasps did not overlap between other plant groups. Conclusion: Seasonal differences in flower-visiting insects could be attributed to a greater availability of resources during the rainy season. Differences in the composition of visitor insects across plant groups were likely influenced by temporal variation in blooming of the different plant groups, blooming intensity, and flower traits. To preserve the rich diversity of floral visitors and the pollination services they provide, a diverse array of ruderal plants must be maintained.

Resumen Introducción: Las plantas silvestres dependen principalmente de insectos para su polinización, y a su vez, muchas de estas plantas son esenciales para mantener una comunidad de insectos polinizadores estable, que beneficia a las especies cultivadas. En los ecosistemas de zonas altas de Costa Rica, la diversidad y abundancia de insectos visitadores florales ha sido poco estudiada, a pesar de su importancia y de la proximidad de cultivos en el área. Objetivo: Determinar la riqueza y composición de especies de insectos visitadores florales de plantas herbáceas nativas y ruderales en un paisaje agrícola en la zona de San Gerardo de Dota, Costa Rica. Métodos: Recolectamos insectos visitadores florales sistemáticamente por dos años, a lo largo de transectos en dos sitios, y los identificamos al nivel taxonómico más bajo posible. Estimamos la diversidad alfa para las estaciones seca y lluviosa y entre grupos de plantas. Estos grupos de plantas fueron definidos con base en sus características florales, otros rasgos de vida, y su relación taxonómica. Además, comparamos la composición de insectos visitadores florales entre estos grupos. Resultados: Colectamos un total de 1306 insectos, principalmente moscas, de un total de 65 familias en 46 especies de plantas durante 12 visitas de muestreo. La diversidad alfa de insectos, particularmente de moscas (Diptera) fue mayor durante la época lluviosa, debido, posiblemente, a la mayor disponibilidad de recursos (e.g., alimento y sitios para reproducción) para este grupo de insectos. La composición de especies varió entre plantas agrupadas por su morfología floral. Algunas de las comunidades de insectos se traslaparon extensivamente en algunos grupos de plantas, mientras que para otras comunidades el traslape fue mucho menor. Conclusión: Las diferencias estacionales en los insectos visitadores florales se pueden atribuir a la mayor disponibilidad de recursos durante la época lluviosa. Las diferencias en la composición de insectos visitadores florales entre los distintos grupos de plantas fueron probablemente influenciadas por variaciones temporales en las floraciones, la intensidad de estas floraciones y las características de las flores en cada grupo de plantas. Para conservar la diversidad de insectos visitadores florales y los servicios de polinización que estos proveen, es necesario mantener una diversidad alta de plantas ruderales.

Yeast diversity in tropical fruits from Costa Rica

Resumen Introducción: Las levaduras que consume la población en alimentos como las frutas tropicales permanecen relativamente desconocidas, a pesar de ser un componente importante de la microbiota humana y tener múltiples aplicaciones biotecnológicas. Métodos: En este trabajo aislamos y caracterizamos la diversidad de levaduras en frutas ingeridas regularmente en Costa Rica, utilizando métodos dependientes de cultivo, caracterización morfológica, y secuenciación de marcador ITS. Resultados: Se aislaron 118 levaduras de las 26 especies de frutas tropicales muestreadas, agrupándose en 7 familias, 11 géneros y 19 especies. Hanseniaspora pseudoguilliermondii, Pichia kluyveri y Hanseniaspora uvarum fueron las especies más abundantes. Notablemente, algunas especies estuvieron presentes en varias frutas, otras presentaron un rango de hospedero más específico, y algunas solamente se aislaron luego de varios meses de fermentación. Conclusión: Nuestro trabajo evidencia la gran diversidad de levaduras presentes en las frutas tropicales, que motiva a estudiar con mayor profundidad su ecología, fisiología, y usos biotecnológicos potenciales.

Abstract Introduction: The yeasts consumed by the population in foods such as tropical fruits remain relatively unknown, despite being an important component of the human microbiota and having multiple biotechnological applications. Methods: In this work we isolated and characterized the diversity of yeasts in fruits regularly ingested in Costa Rica, using culture-dependent methods, morphological characterization, and ITS marker sequencing. Results: We isolated 118 yeasts from the 26 species of tropical fruits sampled, grouped into 7 families, 11 genera, and 19 species. Hanseniaspora pseudoguilliermondii, Pichia kluyveri and Hanseniaspora uvarum were the most abundant species. Notably, some species were present on several fruits, others presented a more specific host range, and some were only isolated after several months of fermentation. Conclusion: Our work evidences the large diversity of yeasts present in tropical fruits, which motivates further study of their ecology, physiology, and potential biotechnological uses.

Agricultural landscapes in Costa Rica: forest remnants account for a rich mammal (Mammalia) community

Abstract Introduction: The effects of habitat loss and fragmentation on wildlife are complex processes mediated by factors other than habitat size and isolation alone. For example, the quality of the surrounding matrix, edge-induced effects, and proximity to large forest tracks are of particular importance. These factors may allow or limit animal movements and, thus, population persistence in human-modified landscapes. This is the case in some remaining forest fragments in Costa Rican landscapes. Objective: To investigate the influence of the landscape composition on medium (< 10 kg) and large-sized (> 10 kg) terrestrial mammals thriving in an agricultural landscape, we surveyed mammal species in 30 sites in the Sarapiquí region, Costa Rica. Methods: We used 45 camera traps to assess the richness and composition of mammal species in forest fragments embedded in pineapple plantations and pastures from 2013 to 2014. Richness estimates were calculated using capture-recapture models for closed populations. We adjusted the models for repeated count data analysis to determine landscape cover types that best explained species richness. Results: Twenty-two species of mammals in nine orders and 16 families were recorded. Despite the habitat loss, fragmentation, and agricultural practice pressures over the years, the Sarapiquí region maintains a significant portion of its native mammalian fauna compared to comprehensive historical inventories available for the area. We found that forest cover best predicts the levels of species richness. Conclusion: many forest-dependent species, such as the threatened Baird’s Tapir, can thrive in fragmented habitats in agricultural landscapes, while other species seem to be heavily affected by habitat modification and land use type. Forested areas and pastures with a high density of scattered trees and proximity to extensive forests could enhance the conservation of mammal communities despite the intense human land use in these agricultural landscapes.

Resumen Introducción: Los efectos de la pérdida y fragmentación de hábitats en la vida silvestre son procesos complejos, influenciados por factores más allá del tamaño y el aislamiento del hábitat. Por ejemplo, la calidad de la matriz circundante, los efectos inducidos por los bordes y la proximidad a grandes áreas forestales son de particular importancia. Estos factores pueden facilitar o limitar los movimientos de los animales, y, por lo tanto, la persistencia de las poblaciones en paisajes modificados por humanos, como ocurre en los fragmentos de bosque que aún existen en algunas regiones de Costa Rica. Objetivo: Investigar cómo la composición del paisaje influye en los mamíferos terrestres de tamaño mediano (< 10 kg) y grande (> 10 kg) que viven en un paisaje agrícola. Para ello, realizamos un estudio de las especies de mamíferos en 30 sitios de la región de Sarapiquí, Costa Rica. Métodos: Utilizamos 45 cámaras trampa para evaluar la riqueza y la tcomposición de las especies de mamíferos en fragmentos de bosque situados entre plantaciones de piña y pastizales, desde 2013 hasta 2014. Calculamos las estimaciones de riqueza utilizando modelos de captura-recaptura para poblaciones cerradas. Ajustamos estos modelos para el análisis de datos de conteo repetido, con el fin de identificar los tipos de cobertura del paisaje que mejor explican la riqueza de especies. Resultados: Se registraron 22 especies de mamíferos, pertenecientes a nueve órdenes y 16 familias. A pesar de la pérdida de hábitat, la fragmentación y las presiones de las prácticas agrícolas a lo largo de los años, la región de Sarapiquí conserva una parte significativa de su fauna mamífera nativa, comparada con los inventarios históricos disponibles para el área. Descubrimos que la cobertura forestal es el mejor predictor de los niveles de riqueza de especies. Conclusión: Muchas especies dependientes del bosque, como el amenazado tapir de Baird, pueden prosperar en hábitats fragmentados dentro de paisajes agrícolas, mientras que otras parecen verse fuertemente afectadas por la modificación del hábitat y el tipo de uso del suelo. Las áreas forestales y los pastizales con alta densidad de árboles dispersos, así como la proximidad a grandes extensiones de bosque, podrían mejorar la conservación de las comunidades de mamíferos, a pesar del intenso uso humano del suelo en estos paisajes agrícolas.

Richness and abundance of non-flying terrestrial mammals in an urban environment in the Neotropic

Abstract Introduction: Urban green spaces are becoming increasingly important refuges for native fauna. In Costa Rica, most of the human population is concentrated in the Central Valley, producing drastic changes in natural ecosystems as urbanization increases and consequently reducing the natural habitats of multiple species. Urban development generally decreases the native diversity of mammals. Objective: We described the richness and abundance of medium-sized terrestrial mammals in fragments of second growth and secondary forest vegetation immersed in an urban matrix. Methods: We conducted a landscape analysis to measure the green spaces and urban land cover, and surveyed terrestrial mammals using night baiting traps, diurnal counts in transects, camera traps, and occasional reports. Results: We found six native and three introduced species of terrestrial mammals, representing less than 50% of the medium-sized mammal diversity reported for the Central Valley of Costa Rica 40 years ago. The common raccoon (Procyon lotor) and the variegated squirrel (Sciurus variegatoides) were the most abundant species, both capable of exploiting urban habitats. Introduced species, especially free-ranging and feral cats (Felis catus), were the most common species in the study site. Free-ranging introduced species may increase predation and disease transmission. Fragmentation, isolation, and lack of connectivity caused by urbanization are likely affect the populations of sloth species (Bradypus variegatus and Choloepus hoffmanni) in the study site. Conclusion: Maintaining natural and seminatural spaces and native vegetation is essential to conserve urban biodiversity.

Resumen Introducción: Los espacios verdes urbanos se están convirtiendo en un refugio cada vez más importante para la fauna nativa de Costa Rica. En Costa Rica, la mayor parte de la población humana se concentra en el Valle Central, consecuentemente, la urbanización reduce constantemente la vegetación remanente natural. En mamíferos, el desarrollo urbano generalmente disminuye la diversidad de especies nativas. Objetivo: Describimos la riqueza y abundancia de los mamíferos medianos terrestres en fragmentos de vegetación en regeneración y bosques secundarios inmersos en una matriz urbana. Métodos: Realizamos un análisis de paisaje utilizando sistemas de información geográfica para medir los espacios verdes y la cobertura urbana. El estudio de mamíferos terrestres incluyó trampeo nocturno, conteos diurnos en transeptos, cámaras trampa y registros ocasionales. Resultados: Encontramos seis especies nativas y tres especies introducidas de mamíferos terrestres, lo que representa menos de un 50% de la diversidad de mamíferos terrestre medianos reportada para el Valle Central hace 40 años. El mapache (Procyon lotor) y la ardilla (Sciurus variegatoides) común fueron las especies más abundantes, ambas con la capacidad de aprovechar hábitats alterados por el desarrollo urbano. Las especies introducidas, especialmente el gato doméstico, representan un problema por ser eficientes depredadores de la fauna nativa y por transmitir enfermedades. Las especies de perezosos (Bradypus variegatus y Choloepus hoffmanni) en el sitio de estudio se ven afectadas por el aislamiento de los fragmentos de vegetación y la falta de conectividad generada por la urbanización. Conclusión: Mantener los fragmentos de vegetación natural en las ciudades es primordial para la conservación de la biodiversidad.

Habitat complexity influenced mixed-species bird flock composition and occurrence in highlands

Abstract Introduction: Mixed-species bird flocks are groups that change rapidly throughout the day, influenced by factors such as resource availability, vocalizations, and habitat complexity. Habitat complexity can either enhance or limit interspecific interactions by increasing the number of species or individuals that interact. However, variations in habitat structure are often overlooked when studying mixed-species flock composition, leading to incomplete or unrealistic interpretations of factors influencing flock composition. Objective: This study aims to investigate the relationship between the composition and occurrence of mixed-species bird flocks and the habitat complexity of a highland forest in Costa Rica. Methods: We conducted this study along a 5.5 km transect in the highland area of Braulio Carrillo National Park in Heredia, Costa Rica (10°05’ N & 84°04’ W; 2 100 m a.s.l.) from March to December 2019. Mixed-species flocks were surveyed twice weekly from 06:00 to 11:00 h. Habitat complexity was assessed using 16 plots (10x10 m) distributed across the study area to capture most of the habitat variation. We estimated the probability of occurrence at different habitat types for mixed-species flock that vary in sizes using kernel density estimation in QGIS. Results: A total of 34 species were recorded across 125 mixed-species flocks, categorized into 50 small-sized, 46 medium-sized, and 30 large-sized flocks. Flock sizes were associated with different habitat characteristics. A positive association was found between higher canopy and understory cover, tree quantity, and diameter at breast height (DBH) with species composition and abundance in large-sized flocks, but not in medium- and small-sized flocks. Conclusion: While the overall presence of mixed-species flocks was not limited by habitat structure, their size and composition were significantly associated with habitat.

Resumen Introducción: Las bandadas de aves mixtas son grupos que cambian rápidamente a lo largo del día, influenciados por factores como la disponibilidad de recursos, vocalizaciones y complejidad del hábitat. La complejidad del hábitat puede favorecer o limitar las interacciones interespecíficas al aumentar el número de especies o individuos que interactúan. Sin embargo, las variaciones en la estructura del hábitat a menudo no se incluyen cuando se estudia la composición de las bandadas de especies mixtas, lo que lleva a interpretaciones incompletas de los factores que influyen en la composición de la bandada. Objetivo: Este estudio tiene como objetivo investigar la relación entre la composición y la ocurrencia de bandadas mixtas de aves y la complejidad del hábitat de un bosque de tierras altas en Costa Rica. Métodos: Realizamos este estudio a lo largo de un transecto de 5,5 km en el Parque Nacional Braulio Carrillo en Heredia, Costa Rica (10°05’ N & 84°04’ O; 2 100 m s. n. m.) de marzo a diciembre de 2019. Las bandadas de especies mixtas se muestrearon dos veces por semana de 06:00 a 11:00 h. La complejidad del hábitat se evaluó utilizando 16 parcelas (10x10 m) distribuidas en el área de estudio para capturar la mayor variación de los hábitat. Estimamos la probabilidad de ocurrencia en diferentes tipos de hábitat para bandadas de especies mixtas que varían en tamaño utilizando la estimación de densidad kernel en QGIS. Resultados: Se registraron un total de 34 especies en 125 bandadas de especies mixtas, categorizadas en 50 bandadas de tamaño pequeño, 46 de tamaño mediano y 30 de tamaño grande. Los tamaños de las bandadas se asociaron con diferentes características del hábitat. Se encontró una asociación positiva entre una mayor cobertura de dosel y sotobosque, cantidad de árboles y diámetro a la altura del pecho (DAP) con la composición y abundancia de especies en bandadas de tamaño grande, pero no en bandadas de tamaño mediano y pequeño. Conclusión: Si bien la presencia general de bandadas de especies mixtas no estuvo limitada por la estructura del hábitat, su tamaño y composición se asociaron significativamente con el hábitat.

Differences in foraging strategies and morphology of five warbler species (Parulidae) in a tropical mangrove forest

Abstract Introduction: Understanding the factors underlying the interactions among closely related species continue to be an important issue in ecology and evolution. Warblers have been the group model for studying niche partitioning through interspecific competition, without considering other possible factors. A more recent approach includes species-specific morphologies as an important factor that correlates with habitat (or niche) partitioning. Objective: to compare the foraging strategies of five warbler species (Setophaga p. erithachorides, S. petechia, Protonotaria citrea, Parkesia noveboracensis, and Leiothlypis peregrina) in a mangrove forest, and to compare the foraging strategies of S. p. erithachorides, the only resident warbler, between periods (presence vs. absence of migrants). Methods: We collected information on substrates and maneuvers used during foraging for the five warbler species during 39 sampling sessions. Each session consisted of recording information for 9 successive days every two weeks. Results: P. noveboracensis differed extensively from the other species in the foraging substrates and maneuvers. The other species formed a more compact group, but some differences in both, substrates and maneuvers, were detected between S. p. erithachorides and L. peregrina. Differences in forging strategies correlate with differences in the morphology among the five warbles species. The foraging strategy of S. p. erithachorides differed between periods. This warbler used the substrates similarly in both periods, but used other maneuvers or change their frequency when migrants are present. Conclusion: differences in the foraging strategy of five warblers can be attributed to a process of morphological and behavioral adaptation to an adaptive scape that includes differences in microhabitat, and biotic interactions (e.g., predation, prey availability) rather than exclusively to interspecific competition.

Resumen Introducción: La comprensión de los factores que subyacen a las interacciones entre especies estrechamente relacionadas sigue siendo un tema importante en ecología y evolución. Las aves de la familia Parulidae han sido el grupo modelo para estudiar la partición de nichos por medio de competencia interespecífica, sin considerar otros posibles factores. Un enfoque más reciente incluye las morfologías específicas de las especies como un factor importante que se correlaciona con la partición del hábitat (o nicho). Objetivo: comparar las estrategias de alimentación de cinco especies de reinitas (Setophaga p. erithachorides, S. petechia, Protonotaria citrea, Parkesia noveboracensis y Leiothlypis peregrina) en un bosque de manglares, y comparar las estrategias de alimentación de S. p. erithachorides, la única reinita residente, entre períodos (presencia vs. ausencia de migrantes). Métodos: Recopilamos información sobre sustratos y maniobras utilizadas durante la alimentación de las cinco especies de reinitas durante 39 sesiones de muestreo. Cada sesión consistió en registrar información durante 9 días sucesivos cada dos semanas. Resultados: P. noveboracensis difirió ampliamente de las otras especies en los sustratos y maniobras de alimentación. Las otras especies formaron un grupo más compacto, pero se detectaron algunas diferencias tanto en los sustratos como en las maniobras entre S. p. erithachorides y L. peregrina. Las diferencias en las estrategias de alimentación se correlacionan con las diferencias en la morfología entre las cinco especies de reinitas. La estrategia de alimentación de S. p. erithachorides difirió entre períodos. Esta reinita utilizó los sustratos de manera similar en ambos períodos, pero utilizó otras maniobras o cambió su frecuencia cuando hay migrantes presentes. Conclusión: las diferencias en la estrategia de alimentación de las cinco reinitas se pueden atribuir a un proceso de adaptación morfológica y conductual a un entorno adaptativo que incluye diferencias en el microhábitat y las interacciones bióticas (por ejemplo, depredación, disponibilidad de presas) en lugar de exclusivamente a la competencia interespecífica.

Flowering time and pollinator abundance determine the female reproductive success in the dioecious palm Chamaedorea pinnatifrons (Arecaceae)

Abstract Introduction: Female fecundity in dioecious plants is influenced by ecological factors that affect pollen and pollinator availability. A high flowering synchrony between sexes, an abundance of pollen donors and pollinators are expected to increase female reproductive success. Objective: To understand how fruit production is related to flowering phenology, sex ratio, abundance and proximity of reproductive males to focal pistillate plants, and pollinator abundance in the dioecious understory palm Chamaedorea pinnatifrons (Arecaceae). Methods: We followed the population flowering of the study species in a montane forest in Costa Rica during 2012. We correlated the number of fruits and fruit set from 115 inflorescences (74 plants) with the size of male and female neighborhoods surrounding focal plants, as well as with plant size and floral display (number of flowers per inflorescence). We estimated pollinator abundance by sampling thrips (Thysanoptera) from staminate inflorescences throughout the plant reproductive season. Results: Flowering was seasonal, with a high degree of overlap between the sexes. The sex ratio of reproductive plants did not significantly deviate from one (79 females and 88 males). Female reproductive success was not related to the abundance or proximity of pollen donors but was instead associated with plants possessing shorter stems, more leaves and flowers per inflorescence, and fewer female neighbors. Late-flowering inflorescences significantly produced more fruits and had a higher fruit set, which coincided with an increase in thrips abundance. Conclusions: We hypothesized that a higher floral display acts as a signal effect to attract pollinators, while larger inflorescences with more flowers can attract more insects, resulting in greater pollination success. Moreover, late-flowering inflorescences seem to benefit from the increase in pollinator abundance at the end of the flowering season. Pollination of C. pinnatifrons and other Chamaedorea species is highly dependent on thrips; as a result, the reproductive success of these palms is susceptible to fluctuations in pollinator population sizes.

Resumen Introducción: La fecundidad femenina en plantas dioicas está influenciada por factores ecológicos que afectan la disponibilidad de polen y polinizadores. Se espera que la alta sincronía de floración entre sexos, la abundancia de donadores de polen y polinizadores aumente el éxito reproductivo femenino. Objetivo: Entender cómo la producción de frutos se relaciona con la fenología de floración, la proporción sexual, la abundancia y proximidad de machos reproductivos a plantas pistiladas focales y la abundancia de polinizadores en la palma dioica del sotobosque Chamaedorea pinnatifrons (Arecaceae). Métodos: Documentamos la floración poblacional de la especie de estudio en un bosque montano en Costa Rica durante el 2012. Correlacionamos la cantidad y proporción de frutos desarrollados en 115 inflorescencias (74 plantas) con el tamaño de los vecindarios de machos y hembras alrededor de las plantas focales, así como con el tamaño de la planta y el despliegue floral (número de flores por inflorescencia). Estimamos la abundancia de insectos polinizadores mediante muestreos de trips (Thysanoptera) de inflorescencias estaminadas a lo largo de la temporada de floración. Resultados: La floración fue estacional, con un alto grado de traslape entre los sexos. La proporción de sexos de las plantas reproductivas no se desvió significativamente de uno (79 hembras y 88 machos). El éxito reproductivo femenino no estuvo relacionado con la abundancia y proximidad de donadores de polen, sino que se asoció a plantas que poseían tallos más cortos, más hojas y flores por inflorescencia y menos hembras vecinas. Las inflorescencias de floración tardía produjeron significativamente más frutos y tuvieron una mayor proporción de frutos, lo que coincidió con un aumento en la abundancia de trips. Conclusiones: Planteamos la hipótesis de que un mayor despliegue floral actúa como un efecto señal para atraer polinizadores, es decir, inflorescencias más grandes con más flores pueden atraer más insectos, lo que resulta en un mayor éxito de polinización. Además, las inflorescencias de floración tardía parecen beneficiarse del aumento en la abundancia de polinizadores al final de la temporada de floración. La polinización de C. pinnatifrons y otras especies de Chamaedorea depende en gran medida de los trips; como resultado, el éxito reproductivo de estas palmas es susceptible a fluctuaciones en el tamaño de la población de polinizadores.

Climate seasonality and plant vigor effects on reproductive phenology of Potalia turbinata (Gentianaceae) in Costa Rica

Abstract Introduction: Potalia turbinata (Gentianaceae) is a treelet distributed from Nicaragua to Panama. Information on its reproductive biology and phenology is lacking. Objective: To describe the reproductive phenology of P. turbinata, morphologically characterize its fruits and seeds, and determine whether flower and fruit production correlates with climate (temperature and precipitation) and plant vigor. Methods: The research took place at Tirimbina Biological Reserve in Costa Rica, January 2017-March 2019. Monthly counts of flowers and fruits were conducted on 86 plants. We used circular statistics to determine the duration and peak of flowering and fruiting. Fruit production was compared between years to describe reproductive cycles. We correlated flower and fruit abundance with climatic conditions. Plant measurements included height, basal stem diameter, leaf crop, seeds per fruit, fruit and seed dimensions, and fruit hardness. We used height, diameter, and number of leaves as proxies for plant vigor and compared plant vigor between fruiting (i.e., number of fruits) and non-fruiting plants. Results: Flowering lasted 2-6 months per plant, peaking in April, while fruiting was prolonged (3-10 months), moderately peaking in August. Flower abundance was negatively correlated with precipitation, but fruiting showed no significant correlation with climate. Fruit production negatively correlated with plant height and positively correlated with basal stem diameter. Non-fruiting plants had more leaves than fruiting plants. Conclusions: At the population level, P. turbinata flowered and fruited annually. Individuals were supra-annual, an uncommon reproductive pattern for tropical species. The correlation between flowering and lower precipitation supports possible insect pollination, though direct pollinator observations remain needed. The results concur with other studies indicating a correlation between fruit number and plant size. This investigation provides information on the reproductive phenology and fruit traits of P. turbinata, laying a foundation for future research into its interactions with pollinators and dispersers.

Resumen Introducción: Potalia turbinata (Gentianaceae) es un arbusto distribuido desde Nicaragua hasta Panamá. La información sobre la biología de esta especie es escasa y se desconoce su fenología reproductiva. Objetivo: Describir en detalle la fenología reproductiva de P. turbinata, caracterizar morfológicamente sus frutos y semillas, y determinar si la producción de frutos y flores se correlaciona con el clima (temperatura y precipitación) y el vigor de la planta. Métodos: La investigación se llevó a cabo en la Reserva Biológica Tirimbina, Sarapiquí, Costa Rica, desde enero 2017 hasta marzo 2019. Se realizaron conteos mensuales de flores y frutos en 86 plantas. Se utilizaron estadísticas circulares para determinar la duración y el pico de las fenofases de flores y frutos. La producción de frutos se comparó entre años para describir los ciclos reproductivos. Se probó la correlación entre la cantidad de flores y frutos y la estacionalidad climática. Las mediciones de las plantas incluyeron altura, diámetro basal del tallo, número de hojas, semillas promedio por fruto, dimensiones de frutos y semillas, y dureza de los frutos. El vigor de la planta (altura, diámetro basal, número de hojas fueron variables usadas como una aproximación de vigor) se evaluó en relación con el tamaño de la cosecha de frutos. Resultados: La floración duró entre 2 y 6 meses por planta, con un pico en abril, mientras que la fructificación fue prolongada (3-10 meses), con un pico moderado en agosto. La abundancia de flores se correlacionó negativamente con la precipitación, pero la fructificación no mostró una correlación significativa con el clima. La producción de frutos se correlacionó negativamente con la altura de la planta y positivamente con el diámetro basal del tallo. Las plantas sin frutos tenían más hojas que las plantas con frutos. Conclusiones: A nivel de población P. turbinata tiene un ciclo reproductivo anual pero los individuos tienen una reproducción irregular supra-anual, un ciclo reproductivo poco común en especies tropicales. La correlación entre la floración y menor precipitación respalda la posibilidad de polinización por insectos, aunque aún se requieren observaciones directas de polinizadores. Los resultados coinciden con otros estudios que indican una correlación entre el número de frutos y el tamaño de la planta. Esta investigación aporta información sobre la fenología reproductiva y las características de los frutos de P. turbinata, sentando las bases para futuras investigaciones sobre sus interacciones con polinizadores y dispersores.

Listening the Costa Rican diversity: status of the bioacoustics collection of the Museum of Zoology, University of Costa Rica

Resumen Introducción: Las colecciones de bioacústica mantienen, curan, y preservan sonidos producidos por animales, recopiladas por biólogos y naturalistas, y representan un valioso archivo de la biodiversidad acústica del planeta. Estas colecciones permiten investigar aspectos cruciales del comportamiento, distribución y ecología de las especies. Estas colecciones proveen información valiosa para la conservación de especies y hábitats en peligro. Objetivo: Este estudio describe el estado actual de la Colección de Bioacústica del Museo de Zoología, CIBET, en la Universidad de Costa Rica. Métodos: Hicimos una revisión de las 4 366 grabaciones que actualmente se encuentran catalogadas en la colección y presentamos información acerca de la distribución de las mismas por grupo taxonómico y lugares de Costa Rica donde se realizaron. Además, discutimos la importancia de la colección como repositorio para las investigaciones en bioacústica dentro y fuera del país. Resultados: La colección incluye principalmente grabaciones de aves, las cuales representan aproximadamente un 58.15% de las especies de aves de Costa Rica. Las grabaciones en la colección también incluyen registros de otros grupos como anfibios y mamíferos. Conclusiones: Los análisis destacan la importancia de la colección para investigaciones científicas, conservación y educación ambiental. Esta colección destaca como un recurso clave para futuras investigaciones en bioacústica en Costa Rica y a nivel internacional. Además, se enfatiza la necesidad de incrementar la representatividad de otros grupos taxonómicos y se invita a investigadores a contribuir a este repositorio como fuente para una mejor comprensión de la diversidad acústica y promover la conservación.

Abstract Introduction: Bioacoustic collections maintain, curate, and preserve animal sounds gathered by biologists and naturalists, serving as valuable archives of the planet’s acoustic biodiversity. These collections facilitate the study of species behavior, distribution, and ecology. These collections provide valuable information for the conservation of endangered species and habitats. Objective: This study describes the current status of the Bioacoustics Collection at the Museum of Zoology, CIBET, University of Costa Rica. Methods: We reviewed the 4 366 recordings cataloged in the collection, and provided information on their distribution across taxonomic groups, and on the specific geographic locations within Costa Rica where they were obtained. We also discuss the importance of this collection as a key repository for bioacoustics research both nationally and internationally. Results: The collection predominantly comprises bird recordings, representing approximately 58.15% of Costa Rica’s avian species. Additionally, the collection includes recordings of other groups, such as amphibians and mammals. Conclusions: The analysis revealed the importance of the collection for scientific research, conservation, and environmental education. This collection outstands as a vital resource for future bioacoustic research in Costa Rica and beyond. It also highlights the need to enhance the representation of other taxonomic groups and invites researchers to contribute to this repository, as a source for a better understanding the acoustic diversity and support conservation efforts.

Reproductive success, parental care, and nest morphology of Manacus candei (Passeriformes, Pipridae)

Resumen Introducción: La destrucción de hábitats naturales debido a actividades humanas como la agricultura y la urbanización plantea importantes desafíos para que las especies sobrevivan y se reproduzcan. Estos desafíos incluyen cambios en las tasas de depredación, los recursos alimentarios y la disponibilidad de sustratos y materiales para la anidación, tanto naturales como artificiales. Dado que se informa que la depredación es la principal causa de pérdida de nidos en los trópicos, estudiar su impacto, junto con la morfología de los nidos, en ambientes modificados es esencial para comprender sus efectos sobre las especies que habitan estos hábitats. Objetivo: Este estudio evalúa el éxito de anidación, la depredación de nidos y la variación en los nidos de Manacus candei en un área fragmentada cercana a la Reserva Biológica Tirimbina (Costa Rica). Métodos: Entre 2015 y 2019, se monitorearon 66 nidos, 59 de los cuales se utilizaron para calcular las tasas de supervivencia diaria (DSR) de los nidos utilizando el programa MARK. Los otros siete nidos solo fueron monitoreados por cámaras trampa para identificar depredadores y observar el comportamiento de la madre. Medimos y comparamos la variación de la morfología de 20 nidos. Resultados: Los resultados sugieren que la DSR de los nidos no varió entre meses o años y el modelo de supervivencia constante fue el más adecuado, con un promedio de 95% y una supervivencia real de 11.6%. Esta especie sufrió un 64% de fracaso de nidos, principalmente debido a la depredación. En total, identificamos cuatro depredadores de nidos, tres aves y un gato doméstico. También identificamos dos especies de aves que robaron material de los nidos. Los nidos fueron muy similares en morfología, con un coeficiente de variación inferior al 38% en sus medidas. Conclusión: Estos resultados sugieren que la zona del jardín no natural podría proporcionar un lugar de anidación seguro para M. candei, ya que podría estar actuando sobre la comunidad de depredadores.

Abstract Introduction: With the destruction of natural habitats due to human activities (i.e., agriculture and urbanization), species face new challenges to survive and reproduce. Some of the new challenges include predation rate and food resources, a lack of nesting substrates and the type of nesting materials (i.e., natural and artificial). Since predation is reported as the primary cause of nest loss in the tropics, studying its impact, along with nest morphology, in modified environments is essential to understanding its effects on species inhabiting these habitats. Objective: This study evaluates nesting success and predation for the white-necked manakin (Manacus candei) in a fragmented area near the Tirimbina Biological Reserve (Costa Rica). Methods: Between 2015 and 2019, 66 nests were monitored, 59 of which were used to calculate the daily survival rates (DSR) of the nests using the MARK program. The other seven nests were only monitored by camera traps to identify predators and observe the mother’s behavior. We measured 20 nests and compared the variation on morphology. Results: The results suggest that DSR nests did not vary between months or years, and the constant survival model was the most suitable with an average of 95% and a real survival of 11.6%. This species suffered a 64% nest failure, mostly due to predation. In total, four nest predators were identified, three avian and a domestic cat. Additionally, two species of birds were observed stealing nesting material. Nests were very similar in morphology with a coefficient of variation below 38% in their measurements. Conclusion: These results suggest that the non-natural garden zone could provide a safe nesting place for M. candei, since it could be acting on the predator community.

Acoustic and morphological differences in Colinus genus (Galliformes: Odontophoridae) support the occurrence of four species

Abstract Introduction: The taxonomy of Galliformes species, a group closely associated with humans since antiquity, remains unclear at various taxonomic levels, producing taxonomic changes constantly. Objective: Our objective is to provide morphological and acoustic data to support the recent taxonomic recognition of Colinus leucopogon (Spot-bellied Bobwhite) as a distinct species from Colinus cristatus (Crested Bobwhite). Methods: Using a combination of morphological and acoustic analyses, we assessed the differences between these two recently recognized species and compared them with the two other well-established species within the genus: C. nigrogularis (Black-throated Bobwhite) and C. virginianus (Northern Bobwhite). Results: Our acoustic analysis of male songs from 64 individuals showed significant differences in maximum amplitude frequency, song duration, and number of elements, which can act as a reproductive barrier between C. cristatus and C. leucopogon. Morphological analyses, however, revealed only limited differences, primarily in tarsus length and wing chord length. Conclusions: Our findings suggest that while male song characteristics strongly support the recognition of C. cristatus and C. leucopogon as distinct species, morphological differences are less pronounced, potentially due to ecological factors such as habitat similarity and altitudinal distribution. This study highlights the importance of including both acoustic and morphological traits in resolving taxonomic uncertainties and understanding species boundaries in Galliformes.

Resumen Introducción: La taxonomía de las especies de Galliformes, un grupo estrechamente asociado con los humanos desde la antigüedad, sigue siendo poco clara en varios niveles taxonómicos. Objetivo: Nuestro objetivo es proporcionar datos morfológicos y acústicos para apoyar el reciente reconocimiento taxonómico de Colinus leucopogon (Codorniz ventrinegro) como una especie distinta de Colinus cristatus (Codorniz crestado). Métodos: Utilizando una combinación de análisis morfológicos y acústicos, evaluamos las diferencias entre estas dos especies recientemente reconocidas y las comparamos con las otras dos especies bien establecidas dentro del género: C. nigrogularis (Codorniz garganta negra) y C. virginianus (Codorniz norteño). Resultados: Nuestro análisis acústico de los cantos de los machos de 64 individuos mostró diferencias significativas en la frecuencia de amplitud máxima, la duración del canto y el número de elementos, lo que puede actuar como una barrera reproductiva entre C. cristatus y C. leucopogon. Los análisis morfológicos, sin embargo, revelaron solo diferencias limitadas, principalmente en la longitud del tarso y la longitud de la cuerda alar. Conclusiones: Estos hallazgos sugieren que, si bien las características del canto de los machos respaldan firmemente el reconocimiento de C. cristatus y C. leucopogon como especies distintas, las diferencias morfológicas son menos pronunciadas, posiblemente debido a factores ecológicos como la similitud del hábitat y la distribución altitudinal. Este estudio destaca la importancia de incluir tanto los rasgos acústicos como los morfológicos para resolver las incertidumbres taxonómicas y comprender los límites entre las especies de Galliformes.

Differences in duet coordination influence territorial response on a year-round territorial bird species

Abstract Introduction: Twelve functions have been assigned to avian vocal duets (e.g., maintaining contact, mate guarding, signaling quality, or resource defense). To separate between functions of duets it is necessary to take into account who is the receiver, the information coded by the sender, and if there is a conflict between pair members. Duets used for resource defense (e.g., territory) are a more aggressive signal than solo songs because they act as a joint defense signal that encode a pairs’ strength or time together in the coordination of both individuals’ song. Therefore, interacting pairs may use duet coordination to respond according to rival information. Objective: Our main objective in this study was to test whether the coordination in time and frequency of White-eared Ground-Sparrow (Melozone leucotis) pair duets influences the territorial response of conspecific pairs. Methods: We recorded 2-5 duets from 31 territorial pairs and measured duet coordination by dividing each ground-sparrow duet into three sections (include sections here) according to each individual’s contribution. In each section we measured frequency range and duration and the difference in frequency range and duration between the introductory and middle section, and the middle and terminal section of each duet. We then used a playback experiments to test pair response to duet coordination. Each pair were exposed to two types of duets: highly coordinated duets and a poorly coordinated duets. Results: We exposed 31 pairs to these two treatments during duet playbacks and measured their territorial response according to the simulated intruders’ duet coordination. We found that pairs that produced highly coordinated duets approached faster and spent more time closer to all playbacks. By comparison, territorial pairs spent more time closer to the poorly coordinated duet stimulus. Total number of vocalization produced in response to duet stimuli were similar between stimuli and independent of the duet coordination of the territorial pairs. Conclusions: Our study indicates that, duet coordination in territorial pairs of White-eared Ground-sparrows is a good predictor of the strength in territorial defense and suggests that pairs used duet coordination to perceive the level of threat from an intruder.

Resumen Introducción: Se han asignado doce funciones a los duetos vocales de las aves (por ejemplo, mantener el contacto, proteger a la pareja, o defensa de recursos). Para separar las funciones de los duetos es necesario tener en cuenta quién es el receptor, la información codificada por el emisor y si existe algún conflicto entre los miembros de la pareja. Los duetos utilizados para la defensa de recursos (ej.: territorio) son una señal más agresiva que los cantos en solitario porque actúan como una señal de defensa conjunta que codifica la fuerza de una pareja o el tiempo que pasan juntos en la coordinación del canto de ambos individuos. Por lo tanto, las parejas pueden utilizar características de los duetos para responder de acuerdo con la información de una pareja rival. Objetivo: Nuestro principal objetivo en este estudio fue probar cómo la coordinación en tiempo y frecuencia de los duetos de las parejas de Melozone leucotis influencian la respuesta territorial de parejas conespecíficas. Métodos: Registramos de 2 a 5 duetos de 31 parejas territoriales y medimos la coordinación del dueto utilizando un método descrito anteriormente que dividió cada dueto de M. leucotis en tres secciones según la contribución de cada individuo. En cada sección medimos el rango de frecuencia, la duración y la diferencia en el rango de frecuencia y la duración entre la sección introductoria y media, y la sección media y terminal de cada dueto. Luego utilizamos experimentos de playback para probar la respuesta de la pareja a la coordinación del dueto. Cada pareja estuvo expuesta a dos tipos de dueto: duetos altamente coordinados y mal coordinados. Resultados: Expusimos a 31 parejas a estos dos tratamientos durante las reproducciones a dueto y medimos su respuesta territorial de acuerdo con la coordinación del dueto de los intrusos simulados. Descubrimos que las parejas que producían duetos altamente coordinados se acercaban más rápido y pasaban más tiempo cerca de todos los estímulos. En comparación, las parejas pasaron más tiempo más cerca del estímulo del dueto mal coordinado. El número total de vocalizaciones producidas en respuesta a estímulos de dueto fueron similares entre estímulos e independientes de la coordinación de dueto de las parejas territoriales. Conclusiones: Nuestro estudio indica que la coordinación del dueto en parejas territoriales de M. leucotis es un buen predictor de la defensa territorial y sugiere que las parejas utilizan la coordinación del dueto para percibir el nivel de amenaza de un intruso.

Effect of the Limón earthquake (1991) on the biodiversity of marine macroalgae according to records from the USJ Herbarium for the Southern Caribbean of Costa Rica

Resumen Introducción: El 22 de abril de 1991, comunidades en Limón fueron devastadas por el tercer terremoto más fuerte registrado en la historia de Costa Rica. Además de las pérdidas humanas y económicas, el terremoto tuvo otro efecto sorprendente: el levantamiento de la línea de costa. El impacto ecológico de este evento se considera como una de las consecuencias más notables del terremoto de Limón, sin embargo, no se conocen con certeza las repercusiones de este evento sobre comunidades de organismos acuáticos como las macroalgas marinas. Objetivo: Determinar si existió un efecto del terremoto de Limón del año 1991 en la composición de las comunidades algales de la región que abarca desde Limón a Manzanillo. Métodos: Se analizaron datos de especímenes de algas recolectados entre 1962 y 2021 en tres localidades (Limón, Cahuita, Manzanillo) utilizando registros de la base de datos del herbario USJ. Se utilizaron intervalos de 5 años para evaluar cambios antes y después del terremoto. Las diferencias geo-temporales fueron evaluadas utilizando el índice de Bray-Curtis basado en datos transformados. La matriz fue analizada implementando un nMDS y un PERMANOVA. La prueba SIMPER fue aplicada para determinar la familia con mayor variación seguida del comando ANOSIM. Resultados: En total se analizaron datos de 1 086 especímenes. Entre los sitios, Punta Cahuita tuvo la mayor diversidad y Punta Uva la menor. El nMDS sugiere que hubo una diferencia en la composición de las comunidades algales en las localidades posterior al terremoto. La familia Gracilariaceae tuvo la mayor variación entre sitios. Conclusiones: A pesar de los resultados encontrados, no es posible atribuir estos cambios en la composición de las comunidades algales únicamente al evento descrito anteriormente, pues existen otros factores ecológicos o antropogénicos que pueden causar una alteración por sí solos o actuar de forma conjunta para generar las dinámicas observadas dentro de las comunidades.

Abstract Introduction: On April 22, 1991, the third strongest recorded earthquake in the history of Costa Rica wreaked havoc on communities in the Limón province. Along with a great cost to human life and the economy of the region, the earthquake had another interesting effect: the uplift of the coastline. The ecological consequences of this event are considered some of the most impactful of the Limón earthquake, however, little is known about the true changes that occurred within communities of aquatic organisms, including marine macroalgae in the aftermath of this event. Objective: To determine if there was an effect of the 1991 Limón earthquake on the composition of algal communities in the region extending from Limón to Manzanillo. Methods: Data of algal specimens collected in three Caribbean localities (Limón, Cahuita, Manzanillo) between 1962-2021 was analyzed from the USJ Herbarium database. Intervals of five years were used to evaluate disturbances before and after the 1991 earthquake. Geographic-temporal differences were assessed using Bray-Curtis index based on the transformed data. The matrix was analyzed implementing a nMDS and a PERMANOVA. A SIMPER test was applied to determine the families with most variation followed by an ANOSIM to describe it. Results: A total of 1086 algal specimens were analyzed. Among the sites, Punta Cahuita had the highest diversity and Punta Uva the lowest. The nMDS indicates that there is a difference in the composition of the algal communities in the locations consulted in the five year interval after the phenomenon compared to the other temporal periods. The Gracilariaceae family presented the most variation between sites. Conclusions: The changes found in the composition of the algal community in the Caribbean region cannot be attributed only to the natural phenomenon described previously. There are several other environmental or anthropogenic components that should be considered, as they might influence the dynamics seen within the community, causing changes individually or in interaction with other factors.

Revalidation of Ptychophallus campylus Pretzmann, 1968, a freshwater crab species from Costa Rica (Decapoda: Brachyura: Pseudothelphusidae)

Abstract Introduction: Freshwater crab diversity in the Neotropics is high, comprising three families: Epiloboceridae, Pseudothelphusidae and Trichodactylidae. The genus Ptychophallus consists of 13 species, all from Panama and Costa Rica. Ptychophallus campylus has not been recognized as a valid species and has been treated as a presumptive junior synomym of Ptychophallus tristani. Objective: The present study aims to formalize the resurrection of P. campylus as a valid species. Methods: An additional specimen of P. campylus collected in the province of Limón, Costa Rica, was analyzed and compared to both the holotype of P. campylus and the description of P. tristani. Results: The gonopod 1 of P. campylus is morphologically similar to that of P. tristani but can be differentiated by the shape of the lateral process of the male first gonopod. Moreover, both species show different geographic distributions: whereas P. tristani occurs in hydrographic basins of the Pacific versant of Costa Rica, P. campylus seems to be restricted to the Caribbean slope in eastern Costa Rica. Conclusions: Ptychophallus campylus is formally revalidated from the synonymy of P. tristani, confirming recently published results of multigene analysis that recovered both species in different lineages. This revalidation of P. campylus increases the number of valid species of the genus Ptychophallus to a total of 14, with nine species or 64.2% of all Ptychophallus species occurring in Costa Rica.

Resumen Introducción: La diversidad de cangrejos de agua dulce en el Neotrópico es alta y comprende tres familias: Epiloboceridae, Pseudothelphusidae y Trichodactylidae. El género Ptychophallus consta de 13 especies, todas de Panamá y Costa Rica. Ptychophallus campylus no se ha reconocido como especie válida y se ha tratado como presunto sinónimo junior de Ptychophallus tristani. Objetivo: El presente estudio pretende formalizar la resurrección de P. campylus como especie válida. Métodos: Se analizó un espécimen adicional de P. campylus recolectado en la provincia de Limón, Costa Rica, y se comparó tanto con el holotipo de P. campylus como con la descripción de P. tristani. Resultados: El gonópodo 1 de P. campylus es morfológicamente similar al de P. tristani, pero puede diferenciarse por la forma del proceso lateral del primer gonópodo del macho. Además, ambas especies muestran distribuciones geográficas diferentes: mientras que P. tristani habita en cuencas hidrográficas de la vertiente Pacífico de Costa Rica, P. campylus parece estar restringida a la vertiente del Caribe en el este de Costa Rica. Conclusión: Ptychophallus campylus se revalida formalmente de la sinonimia de P. tristani, confirmando los resultados recientemente publicados del análisis multigénico que recuperó ambas especies en linajes diferentes. Esta revalidación de P. campylus aumenta el número de especies válidas del género Ptychophallus a un total de 14, con nueve especies o el 64,2% de todas las especies de Ptychophallus presentes en Costa Rica.

Annotated list of amphibians and reptiles of Costa Rica: The role of the Museum of Zoology in cataloging the country’s herpetological diversity

Abstract Introduction: The herpetological collection of the Museum of Zoology at the University of Costa Rica (MZUCR) has been key to safeguarding a sample of the diversity of amphibians and reptiles of Costa Rica and maintaining an up-to-date catalog of species present in the country. This unit develops phylogenetic and biogeographic studies on these animals and plays an important role in taxonomic decisions about them. Objectives: In this work, we review and update the list of amphibians and reptiles of Costa Rica, commenting on cases with some taxonomic controversy. In addition, we briefly account for the MZUCR herpetological collection and explore its history. Methods: We update the list of present species based on identifying specimens kept in our collection and reviewing relevant scientific literature. In addition, we compile the information available in internal documents and scientific publications to establish the history of the collection. Results: We recognized 221 species of amphibians and 257 species of reptiles in Costa Rica, representing 17 and 36 families, respectively. More than 99% of amphibian species and 97% of reptiles are represented in our collection, which currently has more than 24 000 properly cataloged specimens. The collection houses 39 holotypes and 190 paratypes of 47 species, demonstrating its key role in taxonomic studies of the local herpetofauna. Although amphibian and reptile sampling cover almost the entire country, the northern lowlands and the Caribbean foothills of the Talamanca Mountain range require more significant collecting efforts. Conclusions: Despite its long and intense history of biological exploration, records of Costa Rica’s herpetological diversity continue to increase. Much of this growth is a result of efforts made at the MZUCR. Since its origin as a modest private collection in the early 1960s, it has grown into one of the most comprehensive collections of amphibians and reptiles inhabiting Costa Rica. It also functions as a research unit that generates substantial biological knowledge about both groups.

Resumen Introducción: La colección herpetológica del Museo de Zoología de la Universidad de Costa Rica (MZUCR) ha sido clave para resguardar una muestra de la diversidad de anfibios y reptiles de Costa Rica y mantener actualizado el catálogo de las especies presentes en el país. Esta unidad desarrolla estudios filogenéticos y biogeográficos sobre estos animales y juega un papel importante en las decisiones taxonómicas sobre ellos. Objetivos: En este trabajo revisamos y actualizamos el listado de anfibios y reptiles de Costa Rica, comentando casos con cierta controversia taxonómica. Además, hacemos un breve recuento de la colección herpetológica del MZUCR y exploramos su historia. Métodos: A partir de la identificación de especímenes mantenidos en nuestra colección y la revisión de literatura científica relevante, actualizamos la lista de especies presentes. Además, recopilamos la información disponible en documentos internos y publicaciones científicas para establecer la historia de la colección. Resultados: Reconocemos 221 especies de anfibios y 257 de reptiles en Costa Rica, representando 17 y 36 familias, respectivamente. Más del 99% de las especies de anfibios y el 97% de reptiles están representadas en nuestra colección, que actualmente cuenta con más de 24 000 ejemplares debidamente catalogados. La colección alberga 39 holotipos y 190 paratipos de 47 especies, lo que demuestra su papel clave en los estudios taxonómicos de la herpetofauna local. A pesar de que el muestreo de anfibios y reptiles cubre casi todo el país, aun las tierras bajas del norte y las estribaciones caribeñas de la Cordillera de Talamanca requieren de mayores esfuerzos de colecta. Conclusiones: A pesar de su intensa y larga historia de exploración biológica, los registros de la diversidad herpetológica de Costa Rica continúan aumentando. Gran parte de este crecimiento es resultado de los esfuerzos realizados en el MZUCR. Desde su origen como una modesta colección privada a principios de la década de 1960, se ha convertido en una de las colecciones más completas de anfibios y reptiles que habitan Costa Rica y funciona como una unidad de investigación que genera un conocimiento biológico sustancial sobre ambos grupos.

The ornithological collection at the University of Costa Rica: a perspective on historical and international collecting

Resumen Introducción: Las colecciones de historia natural juegan un papel vital en la investigación y la educación. Sin embargo, su valor y beneficios frecuentemente pasan desapercibidos, y el material que estas resguardan tiende a ser desconocido fuera del personal del museo. Objetivo: Evaluar y reportar la cobertura taxonómica y geográfica de las colecciones ornitológicas del Museo de Zoología de la Universidad de Costa Rica (MZUCR). Métodos: Estimamos la representación a nivel de especies y familias en las seis sub-colecciones de la colección de ornitología del MZUCR, y contrastamos la cobertura taxonómica y el ámbito temporal de la colección de pieles con las de otras colecciones de aves costarricenses que se encuentran depositadas en Costa Rica y en el extranjero. Resultados: La colección de huevos y nidos representa una pequeña fracción de las especies de aves reproductivas de Costa Rica (569 nidos de 128 especies y 117 nidadas de 78 especies). La colección de esqueletos es la más pequeña y tiene poco crecimiento a lo largo del tiempo (353 esqueletos de 203 especies). La colección de lenguas está creciendo (845 lenguas de 329 especies) y se espera que impulse la investigación en morfología comparada en el futuro. La colección de tejidos es la más reciente y con mayor tasa de crecimiento (1979 muestras de 408 especies), lo que refleja la importancia de los estudios moleculares en la investigación actual. La colección de pieles tiene la mayor representación de la avifauna costarricense (5080 pieles de 761 especies), pero representa una pequeña fracción de todos los especímenes recolectados en Costa Rica. Conclusión: Estos resultados resaltan la importancia de la colección MZUCR en la documentación de la avifauna costarricense y su potencial para la investigación ornitológica. Sin embargo, la gran mayoría de las especies no cuentan con suficientes especímenes requeridos para estudios robustos a nivel poblacional. Subrayamos la importancia del crecimiento continuo y el manejo adecuado de las colecciones científicas para su uso por las generaciones futuras.

Abstract Introduction: Natural history collections play a vital role in research and education. However, their value and benefits are frequently overlooked, and the museum’s holdings tend to be unknown outside of museum personnel. Objective: We aim to evaluate and report the taxonomic and geographic coverage of the ornithological collections of the museum of zoology at the Universidad de Costa Rica (MZUCR). Methods: We estimated species-level and family-level representation across the six sub-collections of the collection of ornithology at MZUCR, and contrasted the taxonomic coverage and temporal patterns of the round-skin collection against other collections of Costa Rican birds housed in Costa Rica and abroad. Results: The eggs and nests collection represent only a small fraction of the Costa Rican breeding birds (569 nests from 128 species and 117 egg clutches from 78 species). The skeleton collection is the smallest with little growth over time (353 skeletons from 203 species). Tongues collection is growing (845 tongues from 329 species) and expected to fuel future research in comparative morphology. The tissue collection is the most recent and has the highest growth rate (1979 samples from 408 species), reflecting the importance of molecular studies in current research. The round-skin collection has the highest representation of the Costa Rican avifauna (5080 skins from 761 species), but it represents a small fraction of all the specimens collected in Costa Rica. Conclusion: These results highlight the importance of the MZUCR collection in documenting the Costa Rican avifauna, and its potential for ornithological research. However, the majority of species do not have the sufficient number of specimens required for robust population level studies. We underscore the importance of continuous growth and proper management of scientific collections for their use for future generations.