Revista de Biología Tropical

Epiphytic macrolichen as indicators of environmental changes in a montane forest of Panama

Resumen Introducción: Los líquenes cortícolas son organismos que responden a modificaciones del hábitat, por lo que se consideran organismos modelo para evaluar los cambios ambientales en diferentes ecosistemas. Objetivos: Determinar la riqueza y composición de comunidades de macrolíquenes cortícolas en bosques y remanentes de bosques. Además, se evaluó el efecto de factores microclimáticos en tres áreas con diferente grado de intensidad lumínica y densidad de vegetación arbórea sobre la distribución de la diversidad registrada. Métodos: El estudio se realizó en el Parque Nacional Volcán Barú, Panamá. Se escogieron tres zonas con distinta densidad boscosa y especies del árbol hospedero, Comarostaphylis arbutoides y Quercus spp., considerando en total 60 árboles, 10 de cada especie en cada zona. Se registró la apertura del dosel próximo a los árboles hospederos y su diámetro a la altura del pecho. Se emplearon modelos lineales y análisis multivariados para determinar los cambios en la riqueza y composición de especies de macrolíquenes epífitas. Resultados: Los rasgos del árbol hospedero (e.g. especie y la zona condicionaron la riqueza de especies, mientras que las comunidades estuvieron limitadas por cambios microclimáticos (e.g luz) en las diferentes zonas. Conclusión: Las comunidades de macrolíquenes analizadas responden a cambios relacionados con la especie del árbol hospedero y microclima, por lo tanto, pueden ser considerados como indicadores de continuidad ecológica en bosques montanos tropicales.

Abstract Introduction: Corticolous lichens are organisms that respond to habitat modifications, which is why they are considered model organisms to evaluate environmental changes in different ecosystems. Objectives: To determine the species richness and community composition of corticolous macro lichens in montane forests and forest remnants. In addition, the effect of microclimatic factors in three areas with different degrees of light intensity and density of arboreous vegetation on the species distribution of recorded diversity was evaluated. Methods: The study was conducted in the Volcan Baru National Park, Panama. Three areas with different forest densities and host tree species, Comarostaphylis arbutoides and Quercus spp., were chosen, considering a total of 60 trees, 10 of each species in each area. The canopy’s opening close to the host trees and its diameter at breast height were recorded. Linear models and multivariate analysis was used to determine changes in species richness and composition of epiphytic macro lichens. Results: The characteristics of the host trees (e.g. host species and area) conditioned the species richness, while the communities were limited by microclimatic changes (e.g. light) in different areas. Conclusion: The macro lichens communities analyzed responded to changes related to the host tree species and the microclimate, so they can be considered indicators of ecological continuity in tropical montane forests.

Densidad, tamaño y composición de grupos de monos congo, Alouatta palliata (Atelidae) y cara blanca, Cebus imitator (Cebidae) en bosque seco y áreas de dosel reducido, Costa Rica

Abstract Introduction: The size, density, and composition of primate social groups are essential for understanding group dynamics and determining population management plans for primate conservation. Objective: To determine the size, density, and composition of howler monkeys (Alouatta palliata) and white-faced monkey (Cebus imitator) groups in dry forest environments and areas of reduced canopy in Palo Verde National Park, Costa Rica. Understanding how these species respond to different environments has important implications for conservation and reforestation efforts. Methods: Field sampling was carried out during February 2023 during the peak hours of primate activity (6:00-12:00 and 14:00-18:00). The individuals of both primate species were counted, recognizing the groups found in both types of environments (dry forest and reduced canopy areas). Results: Howler monkey group sizes were significantly larger in dry forests and at a higher percent of canopy cover. As for white-faced monkeys, a higher density was recorded in dry forests compared to the last census in 1987. Conclusion: Greater availability of resources (abundance of food and shelter sites) in closed environments favors the presence of a greater number of howler monkeys. Our analyses show that group size in this primate species depends on the type of environment. This study highlights the importance of long-term monitoring and studies of these parameters in wild primate groups.

Resumen Introducción: El tamaño, la densidad y composición de grupos de primates, son esenciales para comprender la dinámica de su agrupación y determinar planes de manejo de poblaciones para la conservación de primates. Objetivo: Determinar el tamaño, densidad y composición de los grupos de monos congo (Alouatta palliata) y cara blanca (Cebus imitator), en el bosque seco y áreas de dosel reducido en el Parque Nacional Palo Verde, Costa Rica. Comprender cómo responden estas especies a diferentes ambientes presenta implicancias importantes para los esfuerzos de conservación y reforestación. Métodos: El muestreo de campo se realizó durante febrero de 2023 en las horas pico de actividad de los primates (6:00-12:00 y 14:00-18:00). Se realizó el conteo de los individuos en grupos de ambas especies de monos, reconociendo los grupos encontrados en ambos tipos de ambiente (bosque seco y áreas de dosel reducido). Resultados: El tamaño de los grupos de monos congo fue significativamente mayor en bosque seco y con mayor porcentaje de cobertura de dosel. En cuanto a los monos cara blanca, se registró una mayor densidad en bosque seco con respecto al último censo en 1987. Conclusión: La mayor disponibilidad de recursos (abundancia de alimentos y sitios de refugio) en ambientes cerrados favorece la presencia de una mayor cantidad de individuos de monos congo. Nuestros análisis muestran que el tamaño del grupo en esta especie de primates depende del tipo de ambiente. Este estudio resalta la importancia de realizar monitoreos y estudios a largo plazo de estos parámetros en grupos silvestres de primates.

Structure of fish communities in relation to habitat in Matusagaratí Lagoon, Darién, Panamá

Resumen Introducción: La Laguna de Matusagaratí es un ecosistema con diversos hábitats y condiciones ambientales que determinan la diversidad y distribución de la vida acuática. A pesar de la conectividad hidráulica, los hábitats acuáticos generados por esta diversidad de condiciones ambientales podrían determinar la composición y estructura de los ensambles ícticos. Objetivo: Entender la estructura de la comunidad de peces en tres de estos hábitats. Métodos: Se realizó un muestreo multihábitat entre marzo 2022 y septiembre 2023, abarcando periodos de estiaje e inundación, en 29 sitios, usando distintas técnicas de pesca. Resultados: Se recolectaron 1 913 peces de 50 especies y 27 familias en aproximadamente 320 km². Se identificaron tres ensambles de peces, cada uno asociado a un hábitat específico. El corredor fluvial del río Tuira tuvo la mayor diversidad, seguido de los riachuelos y las lagunas temporales. Conclusiones: El análisis reveló diferencias notables entre estos hábitats, con el corredor fluvial dominado por especies periféricas, mientras que las lagunas presentaron una baja diversidad con especies generalistas o adaptadas a condiciones de hipoxia. La presencia de especies como Hoplosternum punctatum, Ageneiosus pardalis y Pimelodus punctatus en el humedal, evidencia la influencia del Chocó en la ictiofauna de Panamá. Estos hallazgos podrían tener implicaciones importantes para la formulación de estrategias de conservación del humedal.

Abstract Introduction: Matusagaratí lagoon is an ecosystem with diverse habitats and environmental conditions that determine the diversity and distribution of aquatic life. Despite hydraulic connectivity, aquatic habitats generated by this diversity of environmental conditions could determine the composition and structure of fish assemblages. Objective: To understand the structure of fish community in three of these habitats. Methods: Multi-habitat sampling was conducted between March 2022 and September 2023, covering periods of drought and flooding, at 29 sites using different fishing techniques. Results: 1 913 fish from 50 species and 27 families were collected in approximately 320 km2. Three fish assemblages were identified, each associated with a specific habitat. The river corridor of the Tuira River had the greatest diversity, followed by the tidal streams and lagoons. Conclusions: The analysis revealed notable differences between these habitats, with the river corridor dominated by peripheral species, while lagoons showed low diversity with generalized or hypoxia-adapted species. The presence of species such as Hoplosternum punctatum, Ageneiosus pardalis and Pimelodus punctatus in the wetland evidences the influence of the Choco region on Panama´s ichthyofauna. These findings could have important implications for the formulation of wetland conservation strategies.

Comparative osteology of the caudal skeleton and vertebral column of the freshwater fish of the genera Tlaloc (Cyprinodontiformes: Profundulidae)

Resumen Introducción: La familia Profundulidae es un linaje de peces de agua dulce, con una distribución geográfica muy limitada que se extiende desde el sur de México hasta Centroamérica, integrada por dos géneros Profundulus y Tlaloc; este último, tiene solamente cuatro especies; sin embargo, los estudios basados en el análisis de caracteres osteológicos son escasos para esta familia de peces. Objetivo: Se describe la anatomía del complejo caudal y elementos de la columna vertebral en todas las especies que integran el género Tlaloc. Métodos: Se realizó un análisis comparativo en 44 especímenes diafanizados y teñidos, para identificar diferencias y similitudes en los elementos de la columna vertebral y del complejo caudal entre las especies del género. Resultados: La estructura general del complejo caudal en las especies Tlaloc reveló un patrón similar en las especies del género; sin embargo, se identificaron algunos caracteres útiles para la discriminación de las especies; la placa hipural de forma típicamente triangular es un carácter que solamente se presentó en T. labialis, mientras que en el resto de las especies (T. candalarius, T. portillorum y T. hildebrandi) la placa hipural es en forma de abanico; el número total de vértebras, incluyendo el centro vertebral, en las cuatro especies de Tlaloc varió de 33 a 38, de las cuales 15-17 fueron vértebras abdominales y 17-21 vértebras caudales. T. portillorum presentó el menor número de vértebras totales (33); mientras que T. labialis presentó el mayor (37-38). Conclusiones: La relación de estos elementos esqueléticos sugiere que el conteo de vértebras y radios de la aleta caudal es un carácter de naturaleza fundamental para los peces profundúlidos, lo que le otorga una importancia taxonómica particular en ese grupo.

Abstract Introduction: The family Profundulidae is a lineage of freshwater fish, with a limited geographical distribution extending from southern Mexico to Central America, composed of two genera Profundulus and Tlaloc; the latter comprised only four species; however, studies based on the analysis of osteological characters are scarce for this family of fish. Objective: To describe the anatomy of the caudal bones and backbone of all species of the genera Tlaloc. Methods: A comparative analysis was performed on 44 cleared and stained specimens to identify the differences and similarities of backbone elements and the organization of the caudal skeleton among the species. Results: The comparison of the caudal skeleton in the species of the genus Tlaloc, revealed a very similar pattern in the morphology of the species; however, some characteristics were detected that may be useful for discrimination of species of the genus; the triangular shaped hipural plate is a characteristic that has only appeared in T. labialis, while in the rest of the species (T. candalarius, T. portillorum and T. hildebrandi), the hypural plate is fan-shaped. The total number of vertebrae, including the vertebral centrum, in the four species of the genus Tlaloc ranged from 33 to 38, of which 15-17 were abdominal vertebrae and 17-21 caudal vertebrae; T. portillorum had the lowest number of total vertebrae (33); while T. labialis had the highest number of total vertebrae (37-38). Conclusions: The consistent relationship to these skeletal elements suggests that the vertebrae and caudal fin ray count is a character of fundamental nature for the profundulid fishes, giving it particular taxonomic significance in that group.

Taxonomic richness, diversity, temporal variation, and ecological aspects of fish larvae in the Gulf of Tribugá, Colombia

Resumen Introducción: La fase larval es un elemento crítico en el ciclo de vida de los peces. Sin embargo, el conocimiento sobre su identificación taxonómica, abundancia y variación temporal es aún escaso en los ambientes costeros tropicales. Objetivo: Identificar las larvas de peces presentes en el golfo de Tribugá, Pacífico norte de Colombia y evaluar su variabilidad temporal considerando las variaciones oceanográficas de la región. Método: Se estudió el ensamblaje de las larvas de peces presentes en esta localidad, durante el periodo de agua fría y de agua cálida de 2022. Las larvas fueron obtenidas mediante arrastres diurnos y oblicuos, desde los 20 m de profundidad hasta la superficie, con una duración de 5 min, usando una red cilíndrica-cónica de 70 cm de boca, equipada con mallas de 500 µm. Se identificaron las especies presentes para cada periodo de estudio, se describió la composición de los ensambles de larvas de peces, se estableció el recambio de especies entre los periodos y se evaluó la relación con variables oceanográficas locales. Resultados: Se capturaron un total 602 larvas de peces, siendo identificadas 89 especies de 29 familias, con Scombridae, Engraulidae, Nomeidae, Gerreidae, y Carangidae como familias dominantes. Auxis rochei (36.32 %), Anchoa spp. (11.77 %) y Cubiceps pauciradiatus (8.10 %), fueron las especies de mayor abundancia relativa durante el periodo de aguas frías y Eugerres lineatus (27.04 %), Eucinostomus gracilis (5.43 %) y Sphoeroides sp.1 (4.12 %) las de mayor abundancia relativa en el periodo cálido. Se establecieron diferencias en la estructura y composición de los ensambles de larvas de peces entre los dos periodos de estudio, con una tasa de recambio de especies del 66 %. Conclusión: Se reporta para el Golfo de Tribugá la presencia de estadios larvales de 89 especies de peces, presentando cada periodo oceanográfico descrito para la región un ensamblaje de larvas de peces específico.

Abstract Introduction: The larval phase is critical in the fish life cycle, yet knowledge of its taxonomic identification, abundance, and temporal variation remains limited in tropical coastal environments. Objective: To identify fish larvae in the Gulf of Tribugá, northern Pacific Colombia, and assess their temporal variability considering regional oceanographic variations. Methods: We studied fish larval assemblages during the cold and warm water periods of 2022.We collected larvae through daytime and oblique tows from 20 m depth to the surface using a 70 cm mouth cylindrical-conical net with 500 µm mesh. Results: We captured a total of 602 larvae of 89 species from 29 families, with Scombridae, Engraulidae, Nomeidae, Gerreidae, and Carangidae being dominant. Key species included Auxis rochei (36.32 %), Anchoa spp. (11.77 %) and Cubiceps pauciradiatus (8.10 %) during the cold period, and Eugerres lineatus (27.04 %), Eucinostomus gracilis (5.43 %), and Sphoeroides sp.1 (4.12 %) during the warm period. Differences were found in larval assemblage structure and composition between the two periods, with a species turnover rate of 66 %. Conclusions: This study reports the presence of 89 fish species’ larval stages in the Gulf of Tribugá, with each oceanographic period presenting a distinct larval assemblage.

High richness and spatio-temporal turnover of insects in urban environments: A case in a Latin American capital

Resumen Introducción: Los ecosistemas urbanos son espacios de la ciudad que brindan servicios ecosistémicos y donde se alojan una amplia diversidad de especies. Uno de los componentes clave, y que mantiene diferentes tipos de procesos, son los insectos. Objetivo: Caracterizar las comunidades de insectos en cuatro parques de un distrito de Lima con análisis de su composición y estructura en dos épocas del año. Métodos: Para esta evaluación se realizaron dos muestreos (invierno y verano) utilizando cuatro diferentes tipos de trampas (pitfall, malaise en dosel, malaise al raz del suelo y trampa de luz). Resultados: Se muestra a) una alta riqueza con 191 morfoespecies registradas, agrupadas en 12 órdenes y 8 grupos funcionales; b) una baja similitud entre parques (menor al 40 % para el índice de Jaccard), lo cual revela un alto recambio espacial; c) diferencias en la composición comunitaria entre invierno y verano (recambio temporal), con una mayor riqueza y abundancia de individuos en la temporada cálida (139 morfoespecies y 1 214 individuos, versus 105 morfoespecies y 731 individuos para verano e invierno respectivamente) y d) la variación de grupos funcionales en ambas épocas del año. Conclusión: Los resultados muestran una alta riqueza de insectos y nos invitan a continuar con el estudio de su diversidad en ecosistemas urbanos a escalas más amplias. La información debe ser considerada por los tomadores de decisiones a fin de implementar medidas que permitan mantener esta riqueza de especies en un marco donde la ciudadanía pueda valorar y beneficiarse del importante rol de estos organismos en la ciudad.

Abstract Introduction: Urban ecosystems are spaces in the city that provide ecosystem services and house a wide diversity of species. One of the key components that maintain different types of processes is insects. Objective: To characterize insect communities in four parks in a district of Lima by analyzing their composition and structure in two seasons of the year. Methods: For this evaluation, two samplings (winter and summer) were carried out using four traps (pitfall, canopy malaise, ground-level malaise, and night trap). Results: The results show a) a high richness with 191 registered morphospecies, grouped into 12 orders and 8 functional groups; b) a low similarity between parks (less than 40 % for the Jaccard index), which reveals a high spatial turnover; c) differences in community composition between winter and summer (temporal turnover), with greater richness and abundance of individuals in the warm season (139 morphospecies and 1 214 individuals, versus 105 morphospecies and 731 individuals for summer and winter respectively) and d) the variation of functional groups at both times of the year. Conclusion: The results show a high diversity and invite us to continue the study of insect diversity in urban ecosystems on a broader scale. Information Decision-makers must be considered this to implement measures that allow maintaining this richness of species in a framework where citizens can value and get benefits by the important role of these organisms in the city.

Growth, recruitment and life history parameters of fish in andean reservoirs

Resumen Introducción: La formación de nuevos antromas como embalses y represas destinadas a la generación de energía para el consumo humano, provee nuevos escenarios ambientales que condicionan la supervivencia de las especies de peces pre-existentes en el sistema modificado. Objetivo: Estimar algunos de los principales atributos poblacionales en relación con el crecimiento y el reclutamiento discutidos en el contexto de las historias de vida (HV) de las especies analizadas. Métodos: Con base en la secuencia histórica (2005-2017) para las siete especies con mayor registro numérico y de las distribuciones de frecuencias, se empleó un análisis típico de estimación de los parámetros poblaciones siguiendo el Modelo de Crecimiento propuesto por von Bertalanffy (MCvB) y ecuaciones empíricas a los respectivos parámetros complementarios. Resultados: Se analizaron un total de 28 651 longitudes de frecuencia encontrando que aquellas especies de rápido crecimiento, menor longevidad prefieren los ambientes lacustres artificiales, especies con estrategias de historia de vida oportunista (Astyanax microlepis y Roeboides dayi) y con un patrón de reclutamiento bimodal, mientras las especies con crecimiento intermedio fueron estacionales (Brycon henni, Hemibrycon caucanus), registradas en tributarios al embalse, y en equilibrio (Andinoacara latifrons, Chaetostoma thomsoni y Coptodon rendalli) asociadas principalmente a los ríos, embalses y quebradas o ambientes transicionales a los embalses. Conclusión: El análisis de información sobre la dinámica poblacional e historia de vida de los de peces que coexisten en un embalse y sus ambientes circundantes, sugieren una segregación espacial de las especies de peces en respuesta a una posible selección de sus rasgos biológicos y características bioecológicas.

Abstract Introduction: The formation of new anthromes such as reservoirs and dams to generate energy for human consumption, provides new environmental scenarios that condition the survival of the pre-existing fish species in the modified system. Objective: To estimate some of the main population attributes in relation to growth and recruitment discussed in the context of the life histories of the species analyzed for a high-Andean river system. Methods: Based on the historical sequence (2005-2017) for the seven species with the highest numerical record and frequency distributions, a typical population parameter estimation analysis was employed following the Growth Model proposed by von Bertalanffy (MCvB) and empirical equations to the respective complementary parameters. Results: A total of 28 651 frequency lengths were analyzed, finding that those species with rapid growth and lower longevity prefer artificial lacustrine environments, species with opportunistic life history strategies (Astyanax microlepis and Roeboides dayi) and with a bimodal recruitment pattern, while species with intermediate growth were seasonal (Brycon henni y Hemibrycon caucanus), registered in tributaries to the reservoir, and in equilibrium (Andinoacara latifrons, Chaetostoma thomsoni and Coptodon rendalli) mainly associated with rivers, reservoirs, and streams or transitional environments to reservoirs. Conclusion: The analysis of information on the population dynamics and live history of fish coexisting in a reservoir and its surrounding environments suggests a spatial segregation of fish species in response to a possible selection of their biological traits and other bioecological characteristics that sustain their local populations.

Flora of high mountain tropical peatlands: threats and management measures. Talamanca Range, Costa Rica

Introducción: Las turberas tropicales son formaciones vegetales muy frágiles, especialmente debido a los impactos antrópicos y a los cambios en las condiciones climáticas. Objetivo: Caracterizar la flora de las turberas de Talamanca, así como identificar sus dinámicas, amenazas e impactos. Métodos: Se analizó la flora de cinco turberas ubicadas en el Macizo Buenavista, a lo largo de la Carretera Interamericana, a una altitud entre 2 400 - 3 100 m, a través de muestreos en campo. Posteriormente se diseñó un Índice de Valor Florístico (IVF) para valorar el estado de conservación. Resultados: Se determinó la riqueza florística en las turberas estudiadas. Se constató una menor diversidad biológica en las tres turberas ubicadas fuera de los espacios naturales protegidos estatales, lo que sugiere la influencia del efecto de borde y de las actividades agroproductivas o su proximidad a la Carretera Interamericana. En contraste, las turberas Salsipuedes y Cerro Paramillo exhibieron una mayor diversidad, destacándose géneros como Blechnum, Puya, Chusquea, Myrsine y Vaccinium, en asociación con el género de briófitas Sphagnum. Se observó una composición floral distinta a lo largo de la franja cercana a la Interamericana, caracterizada por la presencia de especies con menor demanda hídrica, especialmente géneros como Rubus y Pteridium, entre otros. Conclusión: A partir de la composición florística identificada se determinó la importancia de las turberas como parte de los ecosistemas del Hotspot mesoamericano, no solo como depósitos de biodiversidad sino también como indicadores sensibles de la influencia humana y las amenazas ambientales en la región asociadas con impacto antrópico y cambio climático.

Abstract Introduction: Tropical peatlands are highly fragile vegetal formations, especially vulnerable to anthropogenic impacts and changes in climatic conditions. Objective: To characterize the flora of the Talamanca peatlands, as well as identify their dynamics, threats, and impacts. Methods: The flora was analyzed in five peat bogs located in the Buenavista Massif, along the Inter-American Highway, at altitudes of 2 400 - 3 100 m, through field sampling. Subsequently, a Floristic Value Index (IVF) was designed to assess the state of conservation. Results: The floristic richness was determined in the peat bogs studied. A lower biological diversity was found in the three peatlands outside the state-protected natural spaces, suggesting the influence of the edge effect and agro-productive activities or their proximity to the Highway. In contrast, the Salsipuedes and Cerro Paramillo peatlands exhibited greater diversity, highlighting genera such as Blechnum, Puya, Chusquea, Myrsine and Vaccinium, in association with the bryophyte genus Sphagnum. A different floral composition was observed along the strip near the Inter-American Highway, characterized by species with lower water demand, especially genera such as Rubus and Pteridium, among others. Conclusion: From the identified floristic composition, the importance of peatlands as part of the mesoamerican hotspot ecosystems was determined, not only as repositories of biodiversity but also as sensitive indicators of human influence and environmental threats in the region associated with anthropic impact and climate change.

Demographic variations of the spotted snapper Lutjanus guttatus (Perciformes: Lutjanidae) along the Pacific coast of Costa Rica suggest the existence of two population units

Resumen Introducción: El pargo mancha Lutjanus guttatus es una de las especies de peces comerciales más importante en zonas costeras tropicales y subtropicales del Pacífico Tropical Oriental. En Costa Rica, L. guttatus es una de las principales especies objetivo de la pesquería artesanal, y tradicionalmente su manejo ha considerado una sola población que se extiende a lo largo de toda la zona costera. Sin embargo, aun se carece de evidencia que sustente la presencia de una sola unidad poblacional, lo cual podría afectar el manejo efectivo de este recurso tan importante. Objetivo: Determinar la estructura poblacional de L. guttatus capturados a lo largo de la costa del Pacífico de Costa Rica a partir de la estimación de parámetros demográficos. Métodos: Se analizaron 428 especímenes capturados en diferentes zonas de la costa del Pacífico de Costa Rica, 190 fueron machos y 238 hembras. Se estimó la estructura de tallas, la relación longitud total-peso, estadios de madurez, talla media de madurez sexual, edad y crecimiento, diferenciando entre el Pacífico norte, central y sur de Costa Rica. Resultados: Se observaron diferencias en la estructura por tallas, relación longitud total-peso, la talla media de madurez sexual y las tasas de crecimiento entre los organismos capturados en las tres regiones de muestreo. Conclusión: Las variaciones demográficas de L. guttatus en las diferentes zonas de captura sugieren la probable existencia de dos unidades poblacionales: la primera corresponde al Pacífico norte y la segunda incluye las zonas del Pacífico central y sur. Lo anterior conlleva implicaciones importantes para el manejo del recurso.

Abstract Introduction: The spotted rose snapper Lutjanus guttatus is one of the commercially most important fish species in tropical and subtropical areas of the Eastern Tropical Pacific. In Costa Rica, L. guttatus is one of the main target species of the artisanal fishery; traditionally, its management has considered a single population that extends along the entire coastal zone. However, there is no evidence that there is only one population unit, which could affect the effective management of this valuable resource. Objective: Determine the population structure of L. guttatus caught on the Pacific coast of Costa Rica through demographic parameters. Methods: A total of 428 specimens, collected in different zones along the Pacific coast of Costa Rica were analyzed, including 190 males and 238 females. The size structure, total length-weight relationship, maturity stages, mean size at sexual maturity, age and growth were estimated, differentiating between the northern, central, and southern Pacific of Costa Rica. Results: Demographic variations were observed in size structure, total length-weight relationship, the average size of sexual maturity, and growth rates among the organisms caught in the three sampling regions. Conclusion: The demographic variations of L. guttatus in the different capture areas suggest the probable existence of two separate population units; the first corresponds to the northern Pacific, and the second includes the central and southern Pacific areas. The above has important implications for the management of the resource.

Forest covers of the Sinú river basin (Córdoba, Colombia): evidence of tropical dry-humid transitional forests

Resumen Introducción: los bosques secos y húmedos se encuentran entre los más amenazados del planeta, en Colombia se encuentran en Peligro Crítico, pero se desconoce el estado de las transiciones. Objetivo: Establecer la distribución, nivel de fragmentación y afinidades florísticas de las zonas transicionales entre el bosque seco-Tropical (bs-T) y bosque húmedo Tropical (bh-T) en el gradiente climático de la cuenca del río Sinú como aporte a la gestión para su conservación. Métodos: Se elaboró la capa de Bosque/No Bosque (B/NB) del área de estudio a escala 1 : 25 000 con imágenes Sentinel (2021-2022) de Planet Scope y otras fuentes, y se identificaron las zonas climáticas, con el uso de datos climáticos de WorldClim 2.0 (1970-2000) y de Giovanni 4.38 (2001-2021), se estimó el nivel de fragmentación, a su vez se identificaron afinidades florísticas a partir del muestreo de lianas y un análisis de agrupamiento. Resultados: La cuenca tiene 462 972 ha de bosques, el 5 % son bosques transicionales seco-húmedo, 87 % bosques húmedos, 6 % bosques secos, y el 2 % son bosques de manglar. Hay más de 1 000 ha de bosques de transición en fragmentación alta-extrema. El bh-T presenta el menor nivel de fragmentación (poca-mínima) y el bs-T es el más fragmentado. Las transiciones boscosas de la cuenca son más afines florísticamente con el bs-T. Conclusiones: Se contribuye a cerrar la brecha en el conocimiento para la determinación de los patrones de distribución de los bosques tropicales transicionales seco-húmedo en la cuenca del río Sinú, con la aplicación de una metodología integradora replicable. Se sugiere reconocer estos bosques transicionales seco-húmedos como otro tipo de coberturas importantes para la investigación de procesos ecológicos bajo escenarios de cambio climático. Se propone incluir los bosques secos-húmedos en prioridad de conservación en los procesos de ordenamiento y manejo del territorio a diferentes escalas geográficas y niveles de gestión.

Abstract Introduction: Dry and humid forests are among the most threatened on the planet in Colombia, they are in Critical Danger, but the status of the transitions is unknown. Objective: To establish the distribution, level of fragmentation, and floristic affinities of the transitional areas between the Tropical Dry Forest (TDF) and Tropical Wet Forest (TWF) in the climatic gradient of the Sinú River basin as a contribution to its conservation management. Methods: The Forest/Non-Forest (B/NB) layer of the study area was at a scale of 1 : 25 000 with Sentinel images (2021-2022) from Planet Scope and other sources, we identified the climatic regions, using climatic data from WorldClim 2.0 (1970-2000) and Giovanni 4.38 (2001-2021), we estimated the level of fragmentation, and we identified floristic affinities from liana sampling and a clustering analysis. Results: The basin has 462 972 ha of forests, 5 % are dry-humid transitional forests, 87 % are humid forests, 6 % are dry forests, and 2 % are mangrove forests. There are more than 1 000 ha of transitional forests in high-extreme fragmentation. The TWF has the lowest fragmentation (little-minimal) and the TDF is the most fragmented. The forested transitions of the basin are more floristically related to TDF. Conclusions: This study contributes to closing the gap in knowledge for determining the distribution patterns of transitional dry-humid tropical forests in the Sinú River basin by applying a replicable integrative methodology. These dry-humid transitional forests should be recognized as another important type of cover for the study of ecological processes under climate change scenarios. It is proposed that dry-humid forests should be included in conservation priorities in the planning and management processes of the territory at different geographic scales and management levels.

Bird composition of a Neotropical city of Chiapas, México: has a metacommunity structure?

Abstract Introduction: The birds in tropical cities are subject to changes in community composition and structure based on landscape properties and habitat heterogeneity. Urban landscapes offer a set of fragmented habitats restricting dispersion and promoting the metacommunity structure of birds. Objective: To analyze the structure of an urban bird community with a meta-community perspective. Methods: With a spatial array of 60 bird sampling points between May 2015 and February 2016, and estimations of landscape metrics with a satellite image classification, we measured the coherence, turnover, and boundary clumping of three subsets of birds to fit a metacommunity structure pattern and correlate with landscape properties of Tuxtla Gutierrez, a neotropical city with potential for bird conservation. Results: The bird species composition comprises a dominant subset of exotic and synurbic species, another of resident abundant species, and one of rare native species. The dominant species seem to be determined by a Clementsian structure, associated with a bird community with a similar response to the environmental gradient. Both dominant and rare species showed a nested structure associated with environmental filtering processes, such as the amount of available habitat. The occurrence and distribution of abundant to rare species composition were associated with the amount of natural vegetation cover, whereas the dominant species abundance with the extension of urban coverage. Conclusions: The bird species composition in urban landscapes of tropical dry forest regions can be structured as a metacommunity in response to a gradient of vegetation fragmentation due to anthropogenic changes. Synurbic and native species do not show a homogenization of diversity composition. To ensure the conditions for bird diversity conservation in tropical urban landscapes, knowledge of the correlation of landscape elements with community structure and habitat conditions in fragmented environments is needed.

Resumen Introducción: Las comunidades de aves en las ciudades tropicales están sujetas a cambios en su composición y estructura según las propiedades del paisaje y la heterogeneidad del hábitat. El paisaje urbano ofrece hábitats fragmentados que restringen la dispersión y promueve la estructura metacomunitaria de las aves. Objetivo: Analizar la estructura de la comunidad de aves urbanas con un enfoque de arreglos metacomunitarios. Métodos: Con una matriz espacial de 60 puntos de muestreo de aves entre mayo de 2015 y febrero de 2016, y estimaciones de métricas del paisaje con una clasificación de imágenes satelitales, medimos la coherencia, el recambio y el agrupamiento de tres subconjuntos de aves para ajustarlos a un patrón de estructura metacomunitaria y correlacionarlas con las propiedades paisajísticas de Tuxtla Gutiérrez, una ciudad Neotropical, con potencial para la conservación de las aves. Resultados: La composición de aves es un subconjunto de especies dominantes exóticas y sinúrbicas, uno de especies residentes abundantes y uno de especies raras nativas. Las especies dominantes están determinadas por una estructura Clementsiana, asociada a una comunidad de aves con una respuesta similar al gradiente ambiental, mientras que tanto especies dominantes como raras muestran una estructura anidada, asociado con procesos de filtro ambiental como la cantidad de hábitat disponible. La ocurrencia y distribución de la composición de especies abundantes y raras se asocia con la cantidad de cobertura vegetal natural, mientras que la abundancia de especies dominantes con la extensión de la cobertura urbana. Conclusiones: La composición de especies de paisajes urbanos en regiones tropicales secas puede tener una estructura metacommunitaria en respuesta a un gradiente de fragmentación de la vegetación por cambios antropogénicos. Las especies sinúrbicas y nativas no muestran una homogeneización de la composición de la diversidad de aves. Para asegurar las condiciones de la conservación de aves en los paisajes tropicales urbanos, es necesario conocer la estructura de la comunidad y los elementos paisajísticos que ofrecen las condiciones de hábitat en ambientes fragmentados.

Protozoos and metazoos present in two wastewater treatment systems and their relationship with the Sludge Biotic Index

Resumen Introducción: El Índice Biológico de Lodos (IBL) es uno de los índices más utilizados para la caracterización de la comunidad de microorganismos presentes en el lodo activado de los sistemas de tratamiento de agua residual. Sin embargo, este índice toma en consideración únicamente la densidad de los grupos funcionales de protozoos predominantes que habitan este lodo. Objetivo: Evaluar si el valor del IBL puede relacionarse directamente con la cantidad de las especies de protozoos y metazoos encontradas en el lodo activado de dos sistemas de tratamiento de aguas residuales. Métodos: Esta investigación se realizó en las aguas residuales generadas por el Hospital San Vicente de Paul en la provincia de Heredia, Costa Rica, durante febrero, marzo y abril del 2022. Se analizaron parámetros fisicoquímicos, ambientales, operacionales y biológicos en un total de 36 muestras de un sistema de tratamiento por lodos activados Convencional y de un Biorreactor de Membrana (MBR) (n= 18, para cada sistema de tratamiento). Resultados: Todos los parámetros fisicoquímicos, ambientales y operacionales evaluados se encuentran relacionados con la abundancia de microorganismos en las muestras analizadas. El valor del IBL ejerció un efecto importante en la cantidad de organismos, y puede relacionarse con el desempeño del sistema de tratamiento en cuanto al porcentaje de remoción de la Demanda Bioquímica de Oxígeno (DBO) y Demanda Química de Oxígeno (DQO), sobre todo para el sistema MBR. Conclusiones: El IBL puede ser mejorado de manera que en su cálculo no solo considere grupos funcionales, sino que se incluya el género o especie de los protozoos y metazoos presentes en el lodo activado. Lo cual a su vez afinaría su potencial de bioindicación al ser más específico en cuanto a la abundancia, comportamiento y requerimientos específicos de cada especie.

Abstract Introduction: Sludge Biotic Index (SBI) is one of the most used indices for the characterization of the community of microorganisms present in the activated sludge of wastewater treatment systems. However, this index takes into consideration only the density of the predominant functional groups of protozoa that inhabit this sludge. Objective: To evaluate whether the SBI value can be directly related to the number of protozoos and metazoos species found in the activated sludge of two wastewater treatment systems. Methods: This study was carried out on the wastewater generated by the San Vicente de Paul Hospital in Heredia Province, Costa Rica, during the months of February, March, and April 2022. Physicochemical, environmental, operational, and biological parameters were analyzed in a total of 36 samples from a Conventional activated sludge wastewater treatment system and from a Membrane Bioreactor (MBR) (n = 18 for each treatment system). Results: All the parameters evaluated are related to the abundance of microorganisms in the samples analyzed. The SBI value had an important effect on the number of organisms and can be related to the performance of the treatment system in terms of the percentage of Biochemical Oxygen Demand (BOD) and Chemical Oxygen Demand (COD) removal, especially for the MBR system. Conclusions: The SBI can be improved so its calculation not only considers functional groups but also includes genus and species of protozoos and metazoos present in the activated sludge. Which in turn would refine its bioindication potential by being more specific in terms of abundance, behavior and specific requirements of each species.

Motile macroinvertebrates and fishes sheltering in burrows with and without the Indo-Pacific Rock-boring Urchin Echinometra mathaei (Camarodonta: Echinometridae), at Mana Island, Fiji

Abstract Introduction: Sea urchins of the genus Echinometra are ecosystem engineers that burrow into lower intertidal and subtidal rocks, creating shelter for themselves and a variety of marine animals. Objective: To test the hypothesis that motile macroinvertebrates and fishes shelter proportionately more frequently in burrows with Echinometra mathaei, whose spines potentially offer additional protection, than in burrows without E. mathaei. Methods: We studied the motile macroinvertebrates and fishes sheltering in the burrows of the Indo-Pacific Rock-boring Urchin E. mathaei (Type C) at Mana Island, Fiji. Results: Burrows with E. mathaei averaged shorter in length than burrows without E. mathaei. We observed 42 motile macroinvertebrates of at least eight species and 49 fishes of at least eight species in burrows with E. mathaei (n = 1 127), and four motile macroinvertebrates of three species and one fish of one species in burrows lacking E. mathaei (n = 243). Motile macroinvertebrates occurred with statistically equal frequencies in burrows with E. mathaei (3.6 %) and in burrows without E. mathaei (2.5 %). Fishes occurred significantly more frequently in burrows with E. mathaei (4.3 %) than in burrows without E. mathaei (0.4 %). Conclusion: Fishes, but not motile macroinvertebrates, gain more protection from predators by sheltering in burrows with sea urchins, whose spines offer additional protection, than in burrows without sea urchins.

Resumen Introducción: Los erizos de mar del género Echinometra son ingenieros de ecosistemas que excavan en rocas intermareales y submareales inferiores, creando refugio para ellos y una variedad de animales marinos. Objetivo: Probar la hipótesis de que los macroinvertebrados móviles y los peces se refugian proporcionalmente con más frecuencia en madrigueras con Echinometra mathaei, cuyas espinas ofrecen potencialmente protección adicional, que en madrigueras sin E. mathaei. Métodos: Estudiamos los macroinvertebrados móviles y los peces que se refugian en las madrigueras del erizo perforador de rocas del Indo-Pacífico E. mathaei (Tipo C) en la isla Mana, Fiji. Resultados: Las madrigueras con E. mathaei promediaron una longitud más corta que las madrigueras sin E. mathaei. Observamos 42 macroinvertebrados móviles de al menos ocho especies y 49 peces de al menos ocho especies en madrigueras con E. mathaei (n = 1 127), y cuatro macroinvertebrados móviles de tres especies y un pez de una especie en madrigueras sin E. mathaei (n = 243). Los macroinvertebrados móviles se presentaron con frecuencias estadísticamente iguales en madrigueras con E. mathaei (3.6 %) y en madrigueras sin E. mathaei (2.5 %). Los peces se presentaron significativamente con mayor frecuencia en madrigueras con E. mathaei (4.3 %) que en madrigueras sin E. mathaei (0.4 %). Conclusión: Los peces, pero no los macroinvertebrados móviles, obtienen más protección contra los depredadores al refugiarse en madrigueras con erizos de mar, cuyas espinas ofrecen protección adicional, que en madrigueras sin erizos de mar.

Two decades of jaguar and puma (Carnivora: Felidae) activity in lowland forest of eastern Ecuador

Abstract Introduction: Jaguars (Panthera onca) and pumas (Puma concolor) are the two largest terrestrial predators in lowland Neotropical forests and as such, are important contributors to the ecosystem. Yet, long-term studies on their temporal and spatial patterns of occurrence are not common. Objectives: To update a previous eight year (2005-2012) camera-trap study on jaguars at Tiputini Biodiversity Station, Yasuní Biosphere Reserve, with data from 2014 through 2023; and to add complementary information on pumas. Methods: We used camera traps set along trails or at mineral licks to document the occurrence of jaguars and pumas. Individual jaguars were identified by their distinctive coat patterns. Results: Capture rates from 2014 to 2023 varied from 0 to 2.94 images/100 trap days for jaguars and from 0.46 to 4.88 for pumas. These rates were similar or increased across all years for both species. We identified 28 individual jaguars during the second sample period, including 18 males and seven females. Periods between captures ranged from 1 to 84 months, with eight individuals recorded over at least 36 months. Including images from the first period (2005-2012), when 21 individuals were identified, it is likely that ~50 individual jaguars have occurred in or close to the research station over 19 years. Jaguars were primarily active during daylight hours, while pumas were more active at night. Conclusions: TBS is embedded within a large biosphere reserve but is too small (~670 ha) to cover the home range of either species. Nonetheless, given the number of records and the fact that capture rates have not declined in the past two decades, this region is important for the conservation of these two species and the many prey they depend on.

Resumen Introducción: Los jaguares (Panthera onca) y los pumas (Puma concolor) son los dos mayores depredadores terrestres de los bosques neotropicales de tierras bajas y, como tales, son importantes contribuyentes al ecosistema. Sin embargo, no son comunes los estudios a largo plazo sobre sus patrones temporales y espaciales de presencia. Objetivos: Actualizar un estudio previo de ocho años (2005-2012) con cámaras trampa sobre jaguares en la Estación de Biodiversidad Tiputini, Reserva de la Biosfera Yasuní, con datos de 2014 a 2023; y agregar información complementaria sobre pumas. Métodos: Utilizamos cámaras trampa instaladas a lo largo de senderos o en saladeros para documentar la presencia de jaguares y pumas. Los jaguares individuales fueron identificados por sus patrones distintivos de pelaje. Resultados: Las tasas de captura de 2014 a 2023 variaron de 0 a 2.94 imágenes/100 días de trampa para jaguares y de 0.46 a 4.88 para pumas. Estas tasas se mantuvieron o incrementaron en todos los años para ambas especies. Identificamos 28 individuos de jaguares durante el segundo período de muestreo, incluidos 18 machos y siete hembras. Los períodos entre capturas variaron de 1 a 84 meses con ocho individuos registrados durante al menos 36 meses. Incluyendo imágenes del primer período (2005-2012) cuando se identificaron 21 individuos, es probable que ~50 jaguares individuales hayan aparecido en o cerca de la estación de biodiversidad durante 19 años. Los jaguares estuvieron principalmente activos durante las horas del día. Los pumas fueron más activos durante la noche. Conclusiones: La TBS está dentro de una gran reserva de la biosfera, pero es demasiado pequeña (~670 ha) para cubrir el área de distribución de ambas especies. No obstante, dada la cantidad de registros y el hecho de que las tasas de captura no han disminuido en las últimas dos décadas, la región es importante para la conservación de estas dos especies y las presas de las que dependen.

Sporogenesis and ultrastructure of spores in the fern Anemia hirsuta (Anemiaceae)

Resumen Introducción: Las investigaciones sobre la ontogenia de los esporangios y esporogénesis de los helechos leptosporangiados son escasas en la literatura científica. Objectivos: Describir y analizar la ontogenia de los esporangios, esporogénesis, micromorfología y ultraestructura de las esporas maduras del helecho Anemia hirsuta. Métodos: Frondas fértiles de A. hirsuta fueron procesadas de acuerdo con protocolos estándar para la inclusión y corte en parafina y resina. Secciones obtenidas en parafina se tiñeron con safranina-azul de alcian, azul de toluidina y PAS/amidoblack. Las secciones obtenidas en resina fueron teñidas con azul de toluidina. Para descripciones detalladas de los procesos, las muestras fueron preparadas para su observación con microscopía electrónica de barrido (MEB). Las esporas maduras fueron analizadas por dispersión de energías de Rayos-X (XEDS). Se obtuvieron secciones ultrafinas para observación mediante microscopía electrónica de transmisión (MET). Resultados: Todo el leptosporangio se forma a partir de una célula basal y una apical derivadas de una sola célula epidérmica de la pinna fértil. Los leptosporangios maduros son globosos, con un anillo subapical, además de un pedicelo corto. Durante el desarrollo, el tapete es inicialmente celular y luego se torna plasmodial. Los esporocitos experimentan división meiótica simultánea para formar tétradas de esporas en disposición tetraédrica. Primero se forma el exosporio, constituido por dos capas, una interna muy delgada y una capa externa gruesa, seguido del endosporio y finalmente el perisporio. Las esporas son triletes y muriformes, con microespinas silíceas simples o ramificadas. El perisporio asociado a los muros y a los surcos muestra ser altamente organizado y con evidentes diferencias ultraestructurales. Conclusiones: La ontogenia de los esporangios y esporogénesis de A. hirsuta es similar al descrito previamente para helechos leptosporangiados, y a lo registrado en algunas especies fósiles relacionadas. El perisporio es altamente estructurado y organizado. Se registra por primera vez en este grupo, alto contenido de sílice en las microespinas presentes en la esporodermis.

Abstract Introduction: Research into the ontogeny of sporangia and sporogenesis of leptosporangiate ferns is scarce in the scientific literature. Objectives: To describe and analyze the ontogeny of sporangia, sporogenesis, micromorphology, and ultrastructure of mature spores of the fern Anemia hirsuta. Methods: Fertile fronds of A. hirsuta were processed according to standard protocols for sectioning and embedding samples in paraffin and resin. Sections in paraffin were stained with safranin-alcian blue, Toluidine Blue, and PAS/amidoblack. Sections in resin were stained with Toluidine Blue. The samples were prepared for observation under scanning electron microscopy (SEM) to yield detailed descriptions. Mature spores were analyzed by X-ray energy dispersion (XEDS). Ultrathin sections were obtained for transmission electron microscopy (TEM) observation. Results: The entire leptosporangium is formed from a basal and an apical cell derived from a single epidermal cell of the fertile pinna. The mature leptosporangia are globose, with a subapical ring and a short pedicel. During development, the tapetum is initially cellular, and then becomes plasmodial. The sporocytes undergo simultaneous meiotic division to form tetrads of spores in a tetrahedral arrangement. The exospore is formed first, with two layers, a very thin internal layer and a thick outer layer, followed by the endospore, and finally the perispore. The spores are trilete and muriform, with simple or branched siliceous microspines. The perispore associated with the muri and grooves appears to be highly organized with evident ultrastructural differences. Conclusions: The ontogeny of the sporangia and sporogenesis of A. hirsuta is similar to that previously described for leptosporangiate ferns and recorded in some related fossil species. The highly structured and organized perispore is observed. A high silica content in the microspines of the sporodermis is herein reported for the first time in this group.

Population dynamics and morphometry of the crayfish Procambarus clarkii (Decapoda: Cambaridae) introduced in Central Mexico

Resumen Introducción: Procambarus clarkii es una especie invasora introducida en el centro de México, donde representa una amenaza para la biodiversidad. Objetivo: Se analizaron cambios demográficos y morfométricos mensuales de P. clarkii durante un ciclo anual en el embalse Taxhimay (Estado de México) considerando la variación ambiental. Métodos: Se determinó la abundancia, proporción sexual, así como la fecundidad y nutrición en hembras mediante los índices hepatopancreático (HSI) y gonadosomático (GSI). Resultados: El PCA explicó el 80.7 % de la variación de los datos ambientales y agrupó los sitios de muestreo en octubre-febrero, marzo-abril, mayo-julio y agosto-septiembre; donde la ficocianina, la clorofila a y el pH explicaron el mayor porcentaje de variación. Se capturaron 464 individuos de los que 198 (43 %) fueron hembras y 266 (57 %) machos, de los cuales 26 eran no reproductores forma II. La abundancia se correlacionó positivamente con ficocianina y clorofila a y negativamente con la transparencia y profundidad. Al final de la época de secas, en abril, se presentó la mayor abundancia de organismos. De acuerdo con el HSI y el GSI se registraron dos temporadas reproductivas en junio-septiembre y enero-marzo. Las variables morfométricas estadísticamente diferentes entre machos y hembras fueron el ancho del cefalotórax, longitud y ancho de quelas y dactilopodios. Además, se registró que las tallas promedio de P. clarkii en el embalse Taxhimay son mayores que aquellas reportadas en su zona de distribución natural y en otras zonas donde se ha introducido en territorio mexicano y en Europa. Conclusión: El embalse Taxhimay cuenta con las características ambientales favorables para el establecimiento y desarrollo de P. clarkii, por lo que representa una amenaza para las especies nativas de la zona central de México.

Abstract Introduction: Procambarus clarkii is an invasive species introduced to central Mexico that threatens biodiversity. Objective: To analyze monthly, during an annual cycle, the demographic and morphometric changes of P. clarkii concerning environmental variation in a reservoir (Taxhimay, State of Mexico). Methods: Abundance, sex ratio, fecundity, and nutrition in females were determined using the hepatopancreatic (HSI) and gonadosomatic (GSI) indices. Results: The PCA showed that phycocyanin, chlorophyll a, and pH explained 80.7 % of the environmental variation and grouped the sample sites into October-February, March-April, May-July, and August-September. A total of 464 individuals were captured; 198 (43 %) were females, and 266 (57 %) were males, of which 26 were non-reproductive form II. Abundance was positively correlated with phycocyanin and chlorophyll a and negatively correlated with transparency and depth. The highest abundance of organisms occurred in April at the end of the dry season. According to HSI and GSI, two reproductive seasons were recorded in June-September and January-March. Morphometric variables statistically different between males and females were cephalothorax width, length and width of chelae, and dactylus. In addition, it was recorded that the average length of P. clarkii in the Taxhimay reservoir is larger than that reported in its natural distribution area and other places where it has been introduced into Mexican territory and Europe. Conclusion: The environmental conditions of the Taxhimay reservoir are conducive to the establishment and growth of P. clarkii, thereby endangering native species in central Mexico.

The performance of mass testing strategies for COVID-19: a case study for Costa Rica

Abstract Introduction: In this article, we derive the behavior of four different mass testing strategies, grounded in guidelines and public health policies issued by the Costa Rican public healthcare system. Objective: To formally develop the changes of each studied mass testing strategy under different contexts related to people’s risk, costs of testing, and accessibility to alternative testing technologies. Methods: We take over a pre-classifier applied to individuals capable of partitioning suspected individuals into low-risk and high-risk groups. We consider the impact of three testing technologies: RT-qPCR, antigen-based testing, and saliva-based testing (RT-LAMP). When available, we introduced a category of essential workers. Results: Numerical simulation results confirm that strategies using only RT-qPCR tests cannot achieve sufficient stock capacity to provide efficient detection regardless of prevalence, sensitivity, or specificity. Strategies that harness the power of pooling and RT-LAMP either maximize stock capacity, detection efficiency, or both. Conclusions: Investing in data quality and classification accuracy can improve the odds of achieving pandemic control and mitigation. Future work will be focused on, based on our findings, constructing representative synthetic data through agent-based modeling and studying the properties of specific pre-classifiers under various scenarios.

Resumen Introducción: En este artículo, derivamos el comportamiento de cuatro diferentes estrategias de pruebas masivas, basadas en las directrices y políticas de salud pública emitidas por el sistema de salud pública de Costa Rica. Objetivos: Desarrollar formalmente los cambios de cada estrategia de pruebas masivas estudiada bajo diferentes contextos relacionados con riesgo de las personas, costos de la prueba y acceso a tecnologías alternativas de pruebas. Métodos: Asumimos un pre-clasificador aplicado a individuos, capaz de dividir a los sospechosos en grupos de bajo riesgo y alto riesgo. Consideramos el impacto de tres tecnologías de prueba: RT-qPCR, pruebas basadas en antígenos y pruebas de saliva (RT-LAMP). Cuando estuvo disponible, introdujimos una categoría de trabajadores esenciales. Resultados: Los resultados de simulaciones numéricas confirman que las estrategias que utilizan únicamente pruebas RT-qPCR no pueden lograr una capacidad de existencias suficiente para proporcionar una detección eficiente, independientemente de la prevalencia, sensibilidad o especificidad. Las estrategias que aprovechan el poder tanto del agrupamiento (pooling) como del RT-LAMP maximizan la capacidad de existencias o la eficiencia de detección, o ambos. Conclusiones: Invertir en la calidad de los datos como en la precisión de la clasificación puede mejorar las probabilidades de lograr el control y la mitigación de la pandemia. El trabajo futuro se concentrará, basándonos en nuestros hallazgos, en construir datos sintéticos representativos a través de modelado basado en agentes y estudiar las propiedades de pre-clasificadores específicos bajo varios escenarios.

Effects of seedlac on soil bacterial diversity: An indication of environmental safety

Abstract Introduction: Lac resin, the only natural resin of animal origin, is exclusively produced by the lac insect (Kerria spp.). It is non-toxic and considered biodegradable. However, the bacteria involved in biodegradation have not been explored. Moreover, the fate of the soil bacteria during biodegradation has not been studied so far. Objective: To explore the fate of soil bacteria due to the burial of seedlac in soil to ascertain whether seedlac is environmentally safe, and to explore the possibilities of identifying any bacterial flora involved in lac biodegradation. Methods: The study began in 2016 by burying seedlac samples (semi-refined lac resin product) in the field soil and pot soil under replicated conditions. The seedlac samples were drawn from the soil in 2019, and the soil adhering to the seedlac samples was used in further experiments. The bacterial diversity of these soils was documented by sequencing the V3-V4 region of 16S rRNA through the Illumina NGS platform. Results: No significant variations were obtained in the soil bacterial diversity between samples except for the marginal increase in the count of Actinobacteria, Myxococcales, Gemmatales, Gemmataceae, the WD2101-soil group in seedlac buried pot soil, and Proteobacteria and Acidobacteria in field soil. Most of these bacterial groups are known to degrade complex organic polymers. Conclusions: Since there are no changes in the soil bacterial diversity due to seedlac burial, it may be concluded that seedlac does not affect the soil microflora and is safe for the soil environment.

Resumen Introducción: La resina de laca, la única resina natural de origen animal, producida exclusivamente por el insecto laca (Kerria spp.) es no tóxica y se considera biodegradable. Sin embargo, hasta ahora, no se han explorado las bacterias que están involucradas en la biodegradación. Además, hasta la fecha no se ha estudiado el destino de las bacterias del suelo durante la biodegradación. Objetivo: Explorar el destino de las bacterias del suelo debido al entierro de resina de laca en el suelo para determinar si es seguro para el medio ambiente o no y explorar las posibilidades de identificar cualquier flora bacteriana involucrada en la biodegradación de laca. Métodos: El estudio se inició en 2016 enterrando muestras de resina de laca (producto de resina de laca semirrefinada) en el suelo a nivel de campo y en suelo de macetas, en réplicas. Las muestras de resina de laca se extrajeron del suelo en 2019 y el suelo adherido a las muestras de resina de laca se utilizó en experimentos posteriores. La diversidad bacteriana de estos suelos se documentó mediante la secuenciación de la región V3-V4 del ARNr 16S a través de la plataforma NGS Illumina. Resultados: No se obtuvo variación significativa en la diversidad bacteriana del suelo entre las muestras, excepto por el aumento marginal en el recuento de Actinobacterias, Myxococcales, Gemmatales, Gemmataceae, grupo WD2101-suelo en el suelo de maceta enterrada, y Proteobacterias y Acidobacterias en el suelo de campo. Se sabe que la mayoría de estos grupos bacterianos degradan polímeros orgánicos complejos. Conclusiones: Dado que no hay grandes cambios en la diversidad bacteriana del suelo debido al enterramiento de resina de laca, se puede concluir que la resina de laca no afecta la microflora y es segura para el suelo.

Long-term monitoring of ocelots Leopardus pardalis (Carnivora: Felidae) in Tortuguero National Park, Costa Rica

Abstract Introduction: The ocelot Leopardus pardalis, though currently listed as Least Concern on the IUCN Red List, has a declining population, and faces threats such as habitat loss and fragmentation and hunting across the entirety of its geographical range, from the Southwestern United States to Northern Argentina. Being a cryptic species and with few studies monitoring ocelots over multiple years, there is a lack of information regarding ocelot ecology. Objective: To further understand the behaviour and population dynamics of ocelots within the study area, Tortuguero National Park (45 755 ha), Costa Rica, by analysing data from a long-term camera trapping study (2011-2022). Methods: Individual ocelots were identified using their unique spot markings. Sex ratio, daily activity patterns, and behaviour were evaluated, whilst ocelot minimum age was estimated for each individual and designated as either resident or transient based on the number of consecutive years observed in the study. Results: A total of 30 individual ocelots were identified (12 females, 18 males). The daily activity pattern (nocturnal) and sex ratio (1 : 0.7) were consistent with that described for the species. The movement of one individual from Tortuguero National Park to Pacuare Nature Reserve, 41 km South, highlights the importance of wildlife corridors for the species. The study also revealed evidence of a female ocelot at least 14 years of age. There are very few published occurrences of an ocelot this old in the wild. Scent marking behaviour was also recorded. Conclusions: This is the longest monitoring effort for ocelots in the country, to our knowledge. Our results highlight the importance of and need for further long-term studies of ocelots to enhance understanding of the species and thus promote the conservation of the species and its habitat.

Resumen Introducción: A pesar de ser considerado como una especie de Preocupación Menor según la Lista Roja de la UICN, el ocelote Leopardus pardalis tiene una población en declive la cual enfrenta amenazas, como la pérdida y fragmentación del hábitat natural, y la cacería, a lo largo de su distribución geográfica, desde el Suroeste de los Estados Unidos hasta el Norte de Argentina. Al tratarse de una especie críptica y con pocos estudios disponibles a largo plazo, se carece de información sobre su ecología. Objetivo: Aumentar el conocimiento sobre el comportamiento y la dinámica poblacional de los ocelotes en el Parque Nacional Tortuguero (45 755 ha), Costa Rica, mediante el análisis de datos de un estudio a largo plazo con cámaras trampa (2011-2022). Métodos: Los ocelotes se identificaron con base en el patrón de manchas. Para cada individuo se calculó la edad mínima, y se designó como residente o transeúnte en función del número de años consecutivos observados en el estudio. También se estimó la proporción de sexos y el patrón de actividad diaria, y se brindaron observaciones sobre el comportamiento de la especie. Resultados: Se identificaron 30 ocelotes (12 hembras, 18 machos). El patrón de actividad diaria (nocturno) y la proporción de sexos (1 : 0.7) concuerda con lo descrito para la especie. El desplazamiento de un individuo desde el Parque Nacional Tortuguero hasta la Reserva Natural Pacuare, 41 km al sur, resalta la importancia de los corredores biológicos. Se destaca la presencia de un ocelote hembra de al menos 14 años. Hay pocas ocurrencias publicadas de ocelotes salvajes de esa edad. También se registraron comportamientos de marcaje olfativo. Conclusiones: Es el estudio de mayor esfuerzo de monitoreo del país, bajo nuestro conocimiento. Nuestros resultados destacan la importancia de los estudios a largo plazo para incrementar el conocimiento sobre el ocelote, y así promover la conservación de la especie y de su hábitat natural.

Diversity and vertical distribution of epiphytic orchids and bromeliads in two contrasting forests from Northeast Andes of Colombia

Resumen Introducción: El análisis de rasgos funcionales permite la comprensión de los mecanismos que estructuran a las comunidades de plantas epífitas. La distribución de la diversidad taxonómica y funcional de epífitas en el gradiente vertical es una herramienta fundamental para entender la respuesta de las epífitas a cambios ambientales, especialmente en puntos calientes de biodiversidad, donde la concentración de especies endémicas está altamente amenazada. Objetivo: Relacionar la diversidad taxonómica y funcional, y la distribución vertical de las epífitas con variables estructurales de bosque montano y bosque seco de los Andes en Colombia. Métodos: La diversidad de epífitas se registró en 35 forófitos al azar para cada bosque. Se comparó la diversidad alfa y funcional para cinco estratos del dosel (Z1-Z5), y se relacionó con variables estructurales y florísticas como riqueza arbórea, densidad arbórea, diámetro a la altura del pecho (DAP), altura del dosel, área de copa y apertura del dosel. Resultados: El bosque montano presentó una mayor diversidad de epífitas, principalmente orquídeas, con Stelis angustifolia como especie dominante. En contraste, el bosque seco presentó una mayor abundancia de bromelias y Tillandsia recurvata como especie dominante. El bosque montano estuvo representado por tres grupos funcionales: bromelias tipo tanque, bromelias-tanque somero y orquídeas-ramicaule, mientras el bosque seco por bromelias tanque-somero y bromelias nebulofitas. Se encontraron correlaciones positivas entre la riqueza, abundancia y diversidad de las epífitas con variables relacionadas con el tamaño de los forófitos (DAP y área de copa) en el bosque montano. También hubo una tendencia diferente en la preferencia por estratos entre orquídeas (Z2-Z3) y bromeliáceas (Z3-Z4). Conclusiones: Se encontraron diferencias en la diversidad taxonómica y funcional de epífitas entre los dos bosques, donde las orquídeas y bromeliáceas a menudo coexisten en ambientes similares, pero se distribuyen en distintos hábitats, resultado de la adaptación a condiciones específicas del entorno, lo que les permite coexistir en diferentes nichos dentro del ecosistema.

Abstract Introduction: Functional traits analysis allows an understanding of the mechanisms that structure plant communities epiphytes. The distribution of taxonomic and functional epiphyte diversity along vertical gradients is a key tool to track epiphytes’ response to environmental changes, especially in biodiversity hotspots, where a high number of endemic species are threatened. Objective: To relate the taxonomic and functional epiphyte diversity and their vertical distribution with forest structural variables of the Montane and Dry Forest ecosystems in the Colombian Andes. Methods: Epiphyte diversity in each study site was recorded in 35 random phorophytes. Alpha and functional diversity were compared for five vertical strata of the canopy (Z1-Z5) and related to forest structural and floristics variables such as tree richness, tree density, diameter at breast height (DBH), canopy height, crown area, and canopy openness. Results: The Montane Forest presented a greater diversity of epiphytes, mainly orchids, with Stelis angustifolia as the dominant species. In contrast, the Dry Forest presented a greater Bromeliad abundance, and Tillandsia recurvata was dominant. Montane forest epiphytes were represented by three functional groups: tank-bromeliads, shallow tank-bromeliads, and ramicauls-orchids, while in the Dry Forest shallow tank-bromeliads and nebulophyte-bromeliads. Positive correlations were found between epiphyte richness, abundance, and diversity with variables related to phorophyte size (DBH and crown area) in montane forest. There was also a different tendency on the preference for some strata between Orchids (Z2-Z3) and Bromeliads (Z3-Z4). Conclusion: Differences were found in the taxonomic and functional diversity of epiphytes between the two forests, where orchids and bromeliads often coexist in similar environments but are distributed in different habitats, resulting from adaptation to specific environmental conditions, which allows them to coexist in different niches within the ecosystem.

Status of the coral formations of Bajo Nuevo Reef Complex, Western Caribbean, Colombia

Abstract Introduction: Although many reefs have been disturbed by the combined effects of climatic and non-climatic stressors, there still are regions largely free from direct human pressures such as runoff, pollution, and maritime traffic due to their geographic remoteness. This suggests that they are replicas of “pristine reefs”, that allow the investigation of relationships between reef communities and their environment. Objective: To evaluate the status of the coral formations of Bajo Nuevo, Seaflower Biosphere Reserve. Methods: The coral health and the relative cover of reef-building organisms and of their main competitors were evaluated. In every station (11), ten photo quadrants of 0.25 m2 were evaluated along a 10 m tape measure combined, along with ~3 min videos. Results: 32 coral species were recorded, 30 of them Scleractinia and two of hydrocorals, with the highest richness in the reef lagoon. In 2021, the reefs in Bajo Nuevo were dominated by non-reef-building organisms (61.7 ± 0.10 %), the building species represented only 23.9 ± 0.10 %; 3.2 ± 0.03 % was coral skeleton with recent and transitional death less than 15 days old. Signs of diseases affected three genera, 13 species and 23.5 % of the colonies evaluated, of which 84.9 % showed one of the four signs related to the stony coral tissue loss disease. Conclusions: With previous expeditions (2010-2011) as a reference, this reef complex registered in 2021 a drop in the cover of hard corals and calcareous algae, and coral richness; an increase in the cover of non-reef-building organisms, with a high prevalence of signs of unhealthiness associated with different coral diseases. This confirms that these reefs are in danger (EN), as suggested by the red list of marine and coastal ecosystems of Colombia.

Resumen Introducción: Aunque muchos arrecifes han sido alterados por los efectos combinados de estresores climáticos y no climáticos, aún existen regiones en gran medida libres de presiones humanas directas, como escorrentía, contaminación y tráfico marítimo, debido a su lejanía geográfica. Esto permite suponer que son réplicas de “arrecifes prístinos”, lo que facilita investigar las relaciones entre las comunidades de arrecifes y su entorno. Objetivo: Evaluar el estado actual de las formaciones de coral de Bajo Nuevo, Reserva de la Biosfera Seaflower. Métodos: Se evaluaron la salud del coral y la cobertura relativa de organismos constructores de arrecifes y de sus principales competidores. En cada estación (11), se evaluaron diez cuadrantes fotográficos de 0.25 m² a lo largo de una cinta métrica de 10 m, junto con videos de aproximadamente 3 minutos. Resultados: Se registraron 32 especies de coral, 30 de corales pétreos y dos de hidrocorales, presentándose la mayor riqueza en la laguna arrecifal. En 2021, los arrecifes de Bajo Nuevo estaban dominados por organismos no constructores de arrecifes (61.7 ± 0.10 %), mientras que las especies constructoras representaban sólo el 23.9 ± 0.10 %; y un 3.2 ± 0.03 % era esqueleto coralino con muerte reciente y transicional menor a 15 días. Los signos de enfermedad afectaron a tres géneros, 13 especies y al 23.5 % de las colonias evaluadas, de la cuales el 84.9 % presentaron alguno de los cuatro signos relacionados con la enfermedad de pérdida de tejido de coral duro. Conclusiones: Con expediciones anteriores (2010-2011) como referencia, este complejo arrecifal registró en 2021 una caída en la cobertura de corales duros y algas calcáreas, y en la riqueza coralina; un aumento en la cobertura de organismos no constructores de arrecifes y, una alta prevalencia de signos de enfermedades coralinas. Esto confirma que los arrecifes de Bajo Nuevo están en peligro (EN), como lo sugiere la lista roja de ecosistemas marinos y costeros de Colombia.

The effect of macrophytes on the presence and population structure of the red swamp crayfish Procambarus clarkii (Decapoda: Cambaridae) in neotropical ecosystems

Abstract Introduction: The red swamp crayfish, Procambarus clarkii, is a crustacean species native to Mexico and the United States. It has been introduced around the world, often becoming established as an invasive exotic species. Since its introduction in 1985 in Colombia, no studies have been carried out to determine factors that influence the presence of the species in high mountain ecosystems. Objective: To evaluate the relationship over time between macrophytes and the different stages of development of P. clarkii in a tropical high Andean aquatic ecosystem. Methods: A new collection method called “macrophyte sweep” was standardized. This method ensured the collection of crayfish of all possible sizes, especially juveniles. Sampling was carried out bimonthly for seven months. The morphometry of P. clarkii was evaluated in three macrophytes: Juncus effusus, Ludwigia peruviana, and Polygonum punctatum. Results: A total of 778 individuals were collected, of which 365 were females, 344 males, and 69 sexually indeterminate. The total population density was 6.48 ind/m2. Most organisms were found on P. punctatum (71.9 %), followed by L. peruviana (17.7 %) and J. effusus (10.28 %). The largest and heaviest organisms were recorded in September in all three macrophytes, while the smallest were collected in July and May. P. clarkii exhibited a greater affinity for P. punctatum in its different developmental stages, possibly because it offers greater structural complexity in the submerged zone, providing shelter for juveniles and a food source for adults. Conclusions: Our results highlight that much of the colonization success of P. clarkii is due to the relationship between macrophytes and the development of different life stages in neotropical ecosystems.

Resumen Introducción: El cangrejo rojo americano, Procambarus clarkii, es una especie de crustáceo originaria de México y Estados Unidos. Se ha introducido en todo el mundo, estableciéndose a menudo como especie exótica invasora. Desde su introducción en 1985 en Colombia, no se han realizado estudios para determinar los factores que influyen en la presencia de la especie en ecosistemas de alta montaña. Objetivo: Evaluar la relación en el tiempo entre las macrófitas y los diferentes estadios de desarrollo de P. clarkii en un ecosistema acuático tropical altoandino. Métodos: Para ello se estandarizó un nuevo método de recolecta denominado “jameo de macrófitas”. Este método aseguró la recolección de cangrejos de río de todos los tamaños posibles, especialmente juveniles. El muestreo se realizó bimensualmente durante siete meses. Se evaluó la morfometría de P. clarkii en tres macrófitas: Juncus effusus, Ludwigia peruviana y Polygonum punctatum. Resultados: Se recolectaron 778 individuos, de los cuales 365 eran hembras, 344 machos y 69 sexualmente indeterminados. La densidad de población total fue de 6.48 ind/m2. La mayoría de los organismos se encontraron sobre P. punctatum (71.9 %), seguido de L. peruviana (17.7 %) y J. effusus (10.28 %). Los organismos más grandes y pesados se registraron en septiembre en las tres macrófitas, mientras que los más pequeños se recogieron en julio y mayo. P. clarkii mostró una mayor afinidad por P. punctatum en sus diferentes estadios de desarrollo, posiblemente porque ofrece una mayor complejidad estructural en la zona sumergida, proporcionando refugio a los juveniles y fuente de alimento a los adultos. Conclusiones: Nuestros resultados ponen de manifiesto que gran parte del éxito de colonización de P. clarkii se debe a la relación entre las macrófitas y el desarrollo de las diferentes etapas vitales en los ecosistemas neotropicales.

Mitochondrial sequencing to guide the management of endangered turtles in Colombia

Abstract Introduction: Turtles are extensively harvested to supply the demand for food, pets, and products. Conservation strategies often involve the release of seized individuals and ex-situ breeding programs. However, several traded species have particular genetic characteristics, and the origins of captive individuals are often unknown. Despite their potential to aid in the recovery of populations, these strategies have faced criticism due to the risk of outbreeding depression and genetic diversity loss. Objective: To explore the use of mitochondrial sequencing to estimate the origin of captive individuals from three of Colombia’s most traded turtle species: Chelonoidis carbonarius, Trachemys venusta callirostris, and Rhinoclemmys melanosterna. Methods: Firstly, we constructed genetic reference databases using 350 sequences from previous phylogeographic studies and new ones from individuals with known origins. Secondly, through phylogenetic and population genetics analyses we delimited phylogeographic groups. Thirdly, we compared the sequences of 157 turtles of unknown origins, successfully assigning them to their species and the most likely areas of origin. Results: We identified genetic structure in wild populations, heterogeneity of origins in captive individuals, and complex trade networks involving harvesting from multiple distant poaching areas and transportation to central regions. Conclusions: This study shows the efficacy of mitochondrial molecular markers in determining the possible region of origin for confiscated turtle individuals affected by illegal trade and emphasizes the importance of intra-specific conservation efforts to safeguard Colombian wildlife’s genetic identity and diversity.

Resumen Introducción: Las tortugas son ampliamente cosechadas para suplir demandas de alimento, mascotas y productos. Las estrategias de conservación a menudo implican la liberación de individuos incautados y programas de cría ex-situ. Sin embargo, varias especies comercializadas muestran características genéticas particulares y el origen de los individuos en cautiverio se desconoce. A pesar de su potencial para ayudar en la recuperación de poblaciones en declive, estas estrategias han enfrentado críticas debido al riesgo de depresión exogámica y pérdida de diversidad genética. Objetivo: Explorar el uso la secuenciación mitocondrial para estimar el origen de individuos cautivos pertenecientes a tres de las especies de tortugas más comercializadas en Colombia: Chelonoidis carbonarius, Trachemys venusta callirostris y Rhinoclemmys melanosterna. Métodos: Primero, construimos bases de datos genéticas de referencia utilizando 350 secuencias de estudios filogeográficos anteriores y muestras nuevas de individuos con orígenes conocidos. Segundo, mediante análisis filogenéticos, y de genética de poblaciones, delimitamos grupos filogeográficos. Tercero, comparamos las secuencias de 157 tortugas de origen desconocido, asignándolas con éxito a su especie y las áreas de origen más probables. Resultados: Identificamos estructura genética en poblaciones silvestres, heterogeneidad de orígenes en individuos en cautiverio y redes comerciales complejas que implican la cosecha en múltiples áreas de caza distantes y el transporte a regiones centrales. Conclusiones: Este estudio muestra la eficacia de los marcadores moleculares mitocondriales para determinar la posible región de origen de individuos de tortugas confiscadas afectadas por el comercio ilegal y enfatiza la importancia de los esfuerzos de conservación intraespecíficos para salvaguardar la identidad y la diversidad genética de la vida silvestre colombiana.

Effects of human disturbance on medium and large mammals in primary and secondary tropical forests in southern Mexico

Abstract Introduction: In tropical forests, populations of medium and large mammals are being impacted by human activities. Understanding how species respond to land use conversion, fragmentation, and the encroachment of roads density and settlements is of conservation interest in highly biodiverse regions. Objetive: To assess the effect of human disturbance and environmental variables on trophic guilds of medium and large mammals in the tropical forests of the Sierra Negra-Mazateca in southern Mexico. Methods: We characterized the landscape (land use and vegetation, number of fragments, and edge density) through supervised classification of Landsat 8 images. We recorded species using camera-trap stations and evaluated the relationship between the presence and relative abundance of species with human disturbance variables using zero-inflated regression models. Results: The landscape of the Sierra Negra-Mazateca is dominated by fragments of secondary forests (48.6 %) with a small proportion of primary forests (9.6 %). We found no differences in the overall relative abundance of species between primary and secondary forests, but differences were observed for omnivore and carnivore guilds. Human disturbances had a disparate effect among guilds, negatively affecting carnivores and positively herbivores. Conclusions: Secondary forests are refuges for tolerant species. Nevertheless, we emphasize the need to conserve primary forests and safeguard medium and large mammals, especially the carnivore guild. Extensive management in secondary forests is recommended to conserve remaining primary forests, alongside community awareness and empowerment for coexistence with wildlife.

Resumen Introducción: En los bosques tropicales las poblaciones de mamíferos medianos y grandes están siendo afectadas por las actividades humanas. Es de interés para la conservación de áreas altamente biodiversas conocer cómo responden las especies a la conversión de uso de suelo, la fragmentación de la vegetación y la creación de caminos y poblados. Objetivos: Evaluar el efecto de la perturbación humana y las variables ambientales sobre los mamíferos medianos y grandes, así como en los gremios tróficos, en los bosques tropicales de la Sierra Negra-Mazateca, en el sur de México. Métodos: Caracterizamos el paisaje (uso de suelo y vegetación, porcentaje de cobertura vegetal, número de fragmentos y densidad de borde) por medio de una clasificación supervisada de imágenes Landsat 8. A las especies las registramos por medio de estaciones de fototrampeo y evaluamos la relación entre presencia y la abundancia relativa de las especies con variables de perturbación humana con modelos de regresión inflados de ceros. Resultados: El paisaje de la Sierra Negra-Mazateca tiene predominio de fragmentos de bosques secundarios (48.6 %) y una baja proporción de bosques primarios (9.6 %). Encontramos que no hubo diferencias en la abundancia relativa de las especies entre bosques primarios y secundarios, pero sí para los gremios de omnívoros y carnívoros. Las perturbaciones humanas tuvieron un efecto negativo sobre carnívoros, y positivo en herbívoros. Conclusiones: El bosque secundario es refugio de las especies generalistas, sin embargo, enfatizamos la necesidad de conservar los bosques primarios para conservar a los mamíferos medianos y grandes y sobre todo al gremio de los carnívoros. Se recomienda un manejo extensivo en los bosques secundarios y conservar los bosques primarios restantes, junto con la concientización y el empoderamiento de la comunidad para la coexistencia con la vida silvestre.

Diversity and cultural value of the mastofauna associated with coffee plantations in Oaxaca, Mexico

Abstract Introduction: The expansion of conventional agriculture has caused the loss of natural habitats for the fauna, but the coffee agroecosystems of Oaxaca can provide an alternative habitat for mammals, which is associated with the cultural value that human communities assign to them. Objective: To assess the diversity and cultural value of medium and large mammals associated with the coffee plantation, and what they represent for the inhabitants of San Gabriel Mixtepec, Oaxaca, Mexico. Method: A mixed method was used. For the diversity analysis, the mammal species were identified through camera traps. To determine the Cultural Importance Index (IIC), semi-structured interviews and participatory workshops were carried out with the residents, who also helped to identify the different uses of the medium and large mammals. Results: A total of 26 species grouped into seven orders, 14 families, and 23 genera were recorded. Alpha diversity was greater in the dry season than in the wet season. Some species were detected in only one of the two seasons. Six hundred and thirty-nine records of cultural uses of mammals were obtained; use as food was the most mentioned. Twelve types of uses were identified. The species with the greatest cultural importance were Odocoileus virginianus (IIC = 0.92), with 11 uses, followed by Dasypus novemcinctus (IIC = 0.61), with 10 uses, Conepatus leuconotus (IIC = 0.60), with eight uses and Didelphis virginiana (IIC = 0.52), with 11 uses. Conclusion: The results show the importance that human residents assign to mammals associated with coffee agroecosystems, both for their use for subsistence and to complement the family economy. Furthermore, the residents themselves emphasize the importance of their traditional knowledge and the need to adopt sustainable management practices for the mastofauna, because they recognize the importance it has in the community and the benefits it can have on the environment.

Resumen Introducción: La expansión de la agricultura convencional ha provocado la pérdida de hábitats naturales para la fauna, pero los agroecosistemas cafetaleros de Oaxaca pueden proporcionar un hábitat alternativo para la mastofauna, lo cual está asociado con el valor cultural que las comunidades humanas les asignan. Objetivo: Conocer la diversidad y el valor cultural de los mamíferos medianos y grandes asociados al cafetal, y lo que representan para los habitantes de San Gabriel Mixtepec, Oaxaca, México. Método: Se utilizó un método mixto. Para el análisis de diversidad se identificaron las especies de mamíferos a través de cámaras trampa, y para determinar el Índice de Importancia Cultural (IIC), se realizaron entrevistas semiestructuradas y talleres participativos con los pobladores, quienes también ayudaron a identificar los diferentes usos de los mamíferos medianos y grandes. Resultados: Se registraron 26 especies agrupadas en siete órdenes, 14 familias y 23 géneros. La diversidad alfa fue mayor en la época seca que en la húmeda. Algunas especies se detectaron en solo una de las dos temporadas. Se obtuvieron 639 registros de usos culturales de los mamíferos; el uso como alimento fue el más mencionado. Se identificaron 12 tipos de usos. Las especies con mayor importancia cultural fueron: Odocoileus virginianus (IIC = 0.92), con 11 usos, seguido de Dasypus novemcinctus (IIC = 0.61), con 10 usos, Conepatus leuconotus (IIC = 0.60), con ocho usos y Didelphis virginiana (IIC = 0.52), con 11 usos. Conclusión: Los resultados muestran la importancia que los pobladores asignan a los mamíferos asociados a los agroecosistemas cafetaleros, tanto por su uso para subsistencia como para complementar la economía familiar. Además, los propios pobladores enfatizan la importancia de su conocimiento tradicional y la necesidad de adoptar prácticas de manejo sostenible de la mastofauna, porque reconocen la importancia que tiene en la comunidad y los beneficios que puede tener en el ambiente.

Ecological Quality Index based on phytoplankton in the lower Magdalena River basin, Northern Colombia

Abstract Introduction: The Magdalena River in Colombia has a high anthropic intervention, and this high load of pollutants that enter mainly in the middle and upper basin of its course are becoming increasingly noticeable in the lower basin. Objective: This study evaluated the environmental condition of a section of the Magdalena River in the lower basin as it passes through the Department of Atlántico, using the Ecological Quality Index (EQI) based on phytoplankton. Methods: Six sampling events were carried out between 2021 and 2022, in order to cover contrasting moments of the hydrological regime, at six monitoring stations on the Western bank of the river. Physicochemical and phytoplankton variables were sampled to establish reference categories based on the EQI. Results: Conductivity was determined as the variable that explained the greatest variation in the environmental gradient, generating reference ranges to establish categories of poor, fair and good ecological quality. 77 phytoplankton morphospecies were recorded, of which five were sensitive to the physicochemical conditions of the Magdalena River, with high optimum values and low tolerance limits: Pinnularia sp2, Diatoma sp3, Navicula sp1, Closterium limneticum, C. rostratum. Conclusions: In general, the Magdalena River in the Atlántico showed a fair ecological quality condition, which deteriorated even more during the dry periods of the year. The EQI showed a relationship with the proportion of diatom groups and the abundance of phytoplankton, obtaining better quality values when diatoms predominate over the cyanobacteria group and when the abundance of the phytoplankton is relatively low.

Resumen Introducción: El río Magdalena en Colombia presenta una alta intervención antrópica, y esa carga de contaminantes que ingresan en la cuenca media y alta de su recorrido se hace cada vez más notoria en la cuenca baja. Objetivo: Este estudio evaluó la condición ambiental de un tramo del río Magdalena en la cuenca baja en su paso por el departamento del Atlántico, mediante el uso del Índice de Calidad Ecológica (EQI) con base en el fitoplancton. Métodos: Se realizaron seis eventos de muestreo entre 2021 y 2022, con el fin de abarcar momentos contrastantes del régimen hidrológico, en seis estaciones de monitoreo sobre la ribera occidental del río. Se tomaron muestras de variables fisicoquímicas y de fitoplancton, para establecer categorías de referencias basadas en el EQI. Resultados: La conductividad fue determinada como la variable que explicó la mayor variación del gradiente ambiental, generando rangos de referencia para establecer categorías de deficiente, regular y buena calidad ecológica. Se registraron 77 morfoespecies de fitoplancton, de las cuales cinco fueron sensibles a las condiciones fisicoquímicas del río Magdalena, con altos valores óptimos y bajos límites de tolerancia: Pinnularia sp2, Diatoma sp3, Navicula sp1, Closterium limneticum, C. rostratum. Conclusiones: En general, el río Magdalena en el Atlántico mostró una condición de calidad ecológica regular, que se deteriora aún más en los períodos secos del año. El EQI mostró relación con la proporción de grupos de diatomeas y la abundancia del fitoplancton, obteniendo mejores valores de calidad cuando las diatomeas predominan por encima del grupo de las cianobacterias y cuando la abundancia del fitoplancton es relativamente baja.

Molecular determination of Helicobacter pylori and detection of beta-lactamases in clinical isolates from patients in Antioquia-Colombia

Resumen Introducción: Helicobacter pylori presenta diferencias en la resistencia a antibiótica en América y Colombia; a pesar de tener varios esquemas de tratamiento que emplean la amoxicilina en el departamento de Antioquia-Colombia, así como en varios países del continente se desconoce el patrón de susceptibilidad genotípica y fenotípica para este antibiótico. Objetivo: Determinar la frecuencia de infección por H. pylori por amplificación del gen ureA y la susceptibilidad a amoxicilina mediante la detección de beta-lactamasas en aislamientos de H. pylori de pacientes con enfermedades gastroduodenales procedentes de Antioquia-Colombia. Métodos: Estudio analítico transversal con 179 pacientes que acudieron a las unidades de endoscopía de siete instituciones de salud. Se recolectó información de datos sociodemográficos y factores de riesgo. Además, se tomaron biopsias de antro y cuerpo para aislamiento microbiológico y detección molecular de H. pylori. Los datos sociodemográficos se evaluaron a partir de análisis de frecuencia y estadística bivariada. El ADN obtenido de las biopsias se amplificó por PCR para identificar el gen ureA, la producción de beta-lactamasas se evaluó con la prueba de nitrocefin y la amplificación de los genes TEM y SHV. Resultados: Del total de pacientes, 61 % (109 / 179) fueron positivos para H. pylori y de 84 aislamientos obtenidos por cultivo, ninguno fue positivo para la prueba de nitrocefin. En pacientes positivos para H. pylori se encontraron diferencias significativas en el estrato socioeconómico, régimen y ubicación geográfica. Dos pacientes fueron positivos en la determinación molecular de beta-lactamasas a partir de biopsias, aunque en ningún aislamiento se encontró los genes SHV o TEM. Conclusión: La frecuencia de H. pylori por detección del gen ureA es mayor comparada con estudios previos y presenta similitud con registros de otras regiones colombianas, por lo que sería una prueba diagnóstica de utilidad en el país. Finalmente, no se encontró aislamientos positivos para TEM y SHV.

Abstract Introduction: Helicobacter pylori exhibit variations in antibiotic resistance in America and Colombia. Despite the use of various treatment regimens containing amoxicillin in the department of Antioquia, Colombia, as well as in several countries across the continent, the pattern of genotypic and phenotypic susceptibility to this antibiotic remains unknown. Objective: To determine the frequency of H. pylori infection by detecting the ureA gene and amoxicillin susceptibility through beta-lactamases in H. pylori isolates from patients with gastroduodenal diseases in Antioquia-Colombia. Methods: Cross-sectional analytical study with 179 patients attending endoscopy units of seven healthcare institutions. Sociodemographic and risk factor data were collected. Moreover, biopsies from the antrum and body were taken for microbiological isolation and molecular detection of H. pylori. The sociodemographic data were assessed through frequency analysis and bivariate statistics. DNA obtained from the biopsies was amplified by PCR for the ureA gene, and beta-lactamase production was evaluated using the nitrocefin test as well as the amplification of the TEM and SHV genes. Results: It was found that 61 % (109 / 179) of patients tested positive for H. pylori; out of 84 isolates obtained by culture, none tested positive for the nitrocefin test. Significant differences were found in socioeconomic status, healthcare system, and geographical location in patients positive for the ureA gene. Two patients tested positive for molecular detection of beta-lactamases from biopsies; however, SHV and TEM genes were not found in any isolate. Conclusions: The frequency of H. pylori for ureA-gene detection is higher than previous studies and similar to other reports in other Colombian regions; consequently, this will become a good diagnostic test in the country. Finally, none of the H. pylori isolates tested positive for beta-lactamases TEM and SHV.

Examining functional diversity in two plant communities under ecological restoration in Farallones de Cali, Colombia

Abstract Introduction: Functional diversity is crucial in understanding species performance and monitoring ecological restoration processes. In Valle del Cauca, Colombia, where only a small percentage of tropical dry forest remains, ongoing ecological restoration efforts are vital. However, monitoring of restoration efforts is typically not conducted. Objective: To compare the functional diversity of two plant communities, restored two and eight years ago, in the Loma Larga reserve, Colombia. Methods: We assessed nine functional traits in the five most significant species of each community. The analysis included contrast tests for functional trait differences, as well as functional diversity indices. Results: The 8-year community displayed greater values for maximum height, diameter at breast height, and specific leaf area. Conversely, the 2-year community exhibited higher leaf thickness. Moreover, the 8-year community presented the highest values in the functional indices: richness, evenness, divergence, dispersion, and specialization. Conclusions: Ecological restoration had a positive impact on plant communities, as evidenced by increased functional diversity and structural complexity in the 8-year community compared to the 2-year community. This suggests that ecological succession processes advance significantly over time, leading to more resilient and functionally diverse communities. The analysis of functional traits stands out as an effective tool for monitoring the success of restoration and guiding future efforts in critically threatened ecosystems such as tropical dry forests.

Resumen Introducción: La diversidad funcional se usa para entender el desempeño de las especies y monitorear procesos de restauración ecológica. En el Valle del Cauca, Colombia, solo queda un pequeño porcentaje del bosque seco tropical original, por lo que los planes de restauración ecológica son necesarios, pero no se realiza monitoreo de estos. Objetivo: Comparar la diversidad funcional de dos comunidades vegetales, con dos y ocho años desde la restauración ecológica en la reserva Loma Larga, Colombia. Métodos: Se midieron nueve rasgos funcionales para las cinco especies más importantes de cada comunidad. Los análisis incluyeron pruebas de contraste para diferencias entre los rasgos funcionales, e índices de diversidad funcional. Resultados: La comunidad de 8 años presentó mayores valores de altura máxima, diámetro a la altura del pecho, y área foliar específica. La comunidad de 2 años exhibió mayores valores de grosor foliar. La comunidad de 8 años presentó los mayores valores en los índices funcionales: riqueza, equitatividad, divergencia, dispersión, y especialización. Conclusiones: La restauración ecológica tuvo un impacto positivo en las comunidades vegetales, evidenciado por una mayor diversidad funcional y complejidad estructural en la comunidad de 8 años en comparación con la de 2 años. Esto sugiere que los procesos de sucesión ecológica avanzan significativamente con el tiempo, resultando en comunidades más resilientes y funcionalmente diversas. El análisis de rasgos funcionales se destaca como una herramienta efectiva para monitorear el éxito de las restauraciones y guiar futuros esfuerzos en ecosistemas críticamente amenazados como el bosque seco tropical.

Influence of multiscale environmental variables on beta diversity of ichthyofauna in Andean lotic systems

Resumen Introducción: Los ecosistemas de agua dulce son unos de los más amenazados a nivel global, incluyendo su ictiofauna. Para comprender los factores que afectan la composición y distribución de las comunidades de peces en los ríos, es importante incluir diferentes escalas de evaluación. En el río Garagoa convergen gradientes de origen natural y antrópico, condición ideal para el estudio del impacto de variables de múltiples escalas sobre la ictiofauna de agua dulce. Objetivo: Evaluar la influencia de variables a escala local (oxígeno disuelto, pH, conductividad, temperatura, dureza, morfometría del canal, velocidad del agua, caudal y el índice de calidad de la vegetación de ribera QBR-And) y de paisaje (usos del suelo, características geomorfológicas y bioclimáticas) sobre las comunidades de peces de la cuenca del río Garagoa, a través del análisis de la diversidad beta particionada en los fenómenos de remplazamiento y anidamiento. Métodos: El muestreo se realizó en 36 transectos de 100 m, entre febrero y julio de 2021, en cada uno se realizó la recolecta utilizando electropesca y redes de arrastre y se registraron características fisicoquímicas y morfológicas del tramo. Utilizando información secundaria se obtuvo información de usos del suelo, características geomorfológicas y bioclimáticas. Se calculó la diversidad beta y se analizó la influencia de las variables locales y de paisaje sobre este componente, utilizando Análisis de Componentes Principales PCA y Análisis de Redundancia Basados en Distancias dbRDA. Resultados: Se registraron 22 especies de 10 familias y cinco órdenes. La disimilitud en la composición de especies fue alta (93 %), explicada en un 81 % por el reemplazamiento de especies. Estos fenómenos se relacionaron con variables locales, usos del suelo, características geomorfológicas y bioclimáticas. Conclusiones: La composición de especies en la cuenca del río Garagoa se encuentra distribuida según el gradiente de elevación y se ve afectada por un conjunto de variables a escala local y de paisaje que incluyen características naturales y condiciones generadas por actividades humanas, las más relevantes son las características fisicoquímicas del agua, morfología del canal, calidad de la vegetación de la ribera, características del relieve, así como, la distribución de áreas con coberturas naturales y áreas intervenidas por procesos agrícolas, ganaderos, mineros o urbanos.

Abstract Introduction: Freshwater ecosystems are some of the most threatened globally, including their ichthyofauna. To understand the factors that affect species composition and distribution of fish communities in rivers, it is important to include different assessment scales. Gradients of natural and anthropic origin converge in the Garagoa River, an ideal condition for the study of impact of multi-scale variables on freshwater ichthyofauna. Objective: Evaluate the influence of variables at a local and landscape scale on the fish communities of the Garagoa River basin, through the analysis of beta diversity partitioned into the turnover and nesting components. Methods: Sampling was carried out in 36 transects of 100 m, between February and July 2021. The collection was carried out using electrofishing and trawl nets and physical, chemical and morphological characteristics of the section (local variables) were recorded. Using secondary information, information on land use, geomorphological and bioclimatic characteristics (landscape variables) was obtained. Beta diversity was calculated and the influence of local and landscape variables on this component was analyzed, using Principal Component Analysis PCA and Distance-Based Redundancy Analysis dbRDA. Results: We recorded 22 species from 10 families and five orders. The dissimilarity in species composition was high (93 %), 81 % explained by species turnover. These components were related to local variables, land use, geomorphological and bioclimatic characteristics. Conclusions: The species composition in the Garagoa River basin is distributed according to the elevation gradient and is affected by a set of variables at the local and landscape scale that include natural characteristics and conditions generated by human activities. The most relevant are the physicochemical characteristics of the water, the morphology of the channel, the quality of the riverside vegetation, the characteristics of the relief, as well as the distribution of areas with natural cover and areas affected by agricultural, livestock, mining or urban processes.

Marine macroalgae as habitat: effect of their morphology on the composition of polychaetes (Annelida: Polychaeta) and sipunculans (Annelida: Sipuncula)

Resumen Introducción: Las macroalgas marinas exhiben una amplia variedad de formas y tamaños, lo que influye en las preferencias de hábitat de diversos organismos, incluidos poliquetos y sipúnculos. Objetivo: Evaluar la relación entre la riqueza y abundancia de poliquetos y sipúnculos con las macroalgas marinas rojas, verdes y pardas utilizando especímenes recolectados en la Isla Cayo Serrana, Caribe colombiano, depositados en las Colecciones Biológicas de la Universidad CES (CBUCES). Métodos: Para estimar la riqueza y abundancia de poliquetos y sipúnculos asociados a las macroalgas, se separaron los ejemplares de cada lote de macroalgas. Asimismo, se realizó una prueba de χ2 para evaluar si existía una asociación entre anélidos y macroalgas. Además, se tomaron medidas morfológicas para las algas verdes y rojas, y se evaluó la relación entre la complejidad morfológica de las algas y la riqueza y abundancia de poliquetos utilizando el coeficiente de correlación de Spearman. Resultados: En este estudio se registró un total de 460 poliquetos y ocho sipúnculos, distribuidos en 42 especies. La familia de poliquetos que presentó la mayor riqueza y abundancia fue Syllidae, mientras que en sipúnculos Phascolosomatidae. Aquí, no encontramos una asociación entre las macroalgas rojas, verdes y pardas con la riqueza y abundancia de poliquetos y sipúnculos. Sin embargo, se encontró una correlación (ρ 0.56-0.78, p < 0.03) entre algunas medidas morfológicas: ancho, área foliar, peso húmedo y volumen desplazado de macroalgas verdes del género Halimeda con la riqueza y abundancia de poliquetos. Por el contrario, no hubo correlación entre las medidas de las macroalgas rojas (Jania y Amphiroa) y la riqueza y abundancia de poliquetos (ρ entre -0.1 y 0.39). Conclusiones: Este estudio resalta la relevancia de los atributos morfológicos de las macroalgas verdes (Halimeda) en el aumento de la riqueza y abundancia de poliquetos.

Abstract Introduction: Marine macroalgae exhibit a wide variety of shapes and sizes, influencing habitat preferences for various organisms, including polychaetes and sipunculans. Objective: To evaluate the relationship between the richness and abundance of polychaetes and sipunculans with red, green, and brown marine macroalgae using specimens collected in Isla Cayo Serrana, Colombian Caribbean, deposited at the Colecciones Biológicas de la Universidad CES (CBUCES). Methods: To estimate the richness and abundance of polychaetes and sipunculans associated with macroalgae, the specimens were separated from each batch of macroalgae. Also, a χ2 test was performed to evaluate if there was an association between annelids and macroalgae. In addition, some morphological measurements were taken for green and red algae, and the relationship between algae morphological complexity and richness and abundance of polychaetes was assessed using Spearman’s correlation coefficient. Results: A total of 460 polychaetes and eight sipunculans were recorded in this study, distributed in 42 species. The polychaete family with the highest richness and abundance was Syllidae, whereas in sipunculans was Phascolosomatidae. Herein, we did not find an association between red, green, and brown macroalgae regarding the richness and abundance of polychaetes and sipunculans. However, a correlation (ρ 0.56-0.78, p < 0.03) was found between some morphological measurements of width, leaf area, wet weight, and displaced volume of green macroalgae of the genus Halimeda with the polychaetes richness and abundance. In contrast, there was no correlation between measurements of red macroalgae (Jania and Amphiroa) and polychaete richness and abundance (ρ between -0.1 and 0.39). Conclusions: This study underscores the relevance of specific morphological attributes of green macroalgae (Halimeda) in enhancing polychaete richness and abundance.

Reproduction of the sea cucumber Holothuria (Halodeima) grisea (Holothuriida: Holothuriidae) from Santa Catarina coast, southern Brazil

Abstract Introduction: The sea cucumber, Holothuria (Halodeima) grisea, is a common species in intertidal rocky shores along the Brazilian coast. Due to its abundance, it is considered a potential resource for aquaculture development. Objective: To characterize some reproductive features of H. (H.) grisea in southern Brazil, including sex ratio, gonadosomatic and maturity indices, and macro and microscopical observations of gonad tubules. Methods: Adult individuals were randomly collected in August and October 2019; February, March, May, and October 2020 at the intertidal region during low tides on the coast of Santa Catarina, Brazil. The individuals were transferred to the laboratory, where they were subject to biometry, dissection, and preservation to further macro and microscopic examinations. Results: The sex ratio was 1 : 1 and the gonad indexes were similar in both sexes and between months. Two main cohorts (25.3 and 85.3 μm) and three cytometric intervals (CI) were established. Based on histology for males, and mainly cohorts and CI for females, the individuals were categorized into five stages of the gonadal development scale (GDS) in tubules: growing, premature, mature, spawning and post spawning. Maturation and spawning events were frequent in all months, mainly February, March, and May 2020. Seven colors of the tubules were presented (transparent, transparent-pink, white, transparent-white, creamy-white, cream, and pink) with a large overlap between sex and GDS. Conclusions: This study is the first to describe the reproductive behavior of H. (H.) grisea on the coast of Santa Catarina and this population exhibits a continuous reproductive pattern with reduction in winter season. Our results can offer a baseline for future research, providing various qualitative and quantitative description tools for greater effectiveness in understanding the maturity cycle of populations and managing the sea cucumber fishery in Brazil.

Resumen Introducción: El pepino de mar, Holothuria (Halodeima) grisea, es una especie común en las costas rocosas intermareales de la costa brasileña. Debido a su abundancia, se considera un recurso potencial para el desarrollo de la acuicultura. Objetivo: Caracterizar algunos rasgos reproductivos en el sur de Brasil, incluyendo proporción de sexos, índices gonadosomáticos y de madurez y observaciones macro y microscópicas de los túbulos gonadales. Métodos: Los individuos adultos fueron recolectados al azar en agosto y octubre de 2019; febrero, marzo, mayo y octubre de 2020 en la región intermareal durante las mareas bajas de la costa de Santa Catarina, Brazil. Los individuos se transfirieron al laboratorio, donde fueron objeto de biometría, disección y preservación para posteriores exámenes macro y microscópicos. Resultados: La proporción de sexos fue de 1 : 1 y el índice gonadal resultó similar en cada sexo y entre los meses. Se establecieron principalmente dos cohortes (25.3 y 85.3 μm) y tres intervalos citométricos (IC). Basándose en la histología de los machos, y principalmente en las cohortes y los IC en hembras, se categorizaron cinco estadios de desarrollo gonadal (GDS) de los túbulos: en crecimiento, prematuro, maduro, desove y postdesove. Los eventos de maduración y desove fueron frecuentes en todos los meses, principalmente en febrero, marzo y mayo de 2020. Se presentaron siete colores de los túbulos (transparente, transparente-rosado, blanco, transparente-blanco, blanco-crema, crema y rosa) con un gran solapamiento entre sexo y GDS. Conclusiones: Este estudio es el primero en describir el comportamiento reproductivo de H. (H.) grisea en la costa de Santa Catarina, cuya población exhibe un patrón reproductivo continuo con reducción en la estación invernal. Nuestros resultados pueden ofrecer una línea base para futuras investigaciones, proporcionando diversas herramientas de descripción cualitativa y cuantitativa para una mayor eficacia en la comprensión del ciclo de madurez de las poblaciones y el manejo de la pesquería del pepino de mar en Brasil.

Lutjanus synagris (Acanthuriformes: Lutjanidae): reproductive biology and synchronization with lunar phases in the Gulf of Salamanca, Colombian Caribbean

Abstract Introduction: Lutjanus synagris is one of the most common demersal fishes in the Colombian Caribbean and is of interest to artisanal fisheries, although in decline. The study of its reproductive patterns provides insight into its biology relevant to the general study of tropical fishes. Objective: To assess the condition factor and gonadosomatic index, to determine the monthly incidence of mature fish, to estimate the mean length at sexual maturity (Lm), and to explore predictors affecting the condition factor and gonadosomatic index in the lane snapper L. synagris. Methods: Extirpated gonads of males and females were classified according to their maturity status and related to fish length. The condition factor and gonadosomatic index were estimated according to standard formulae. Their dependency on variables related to climate, geographic space, and behavior were assessed using linear models. Results: Condition factor was stable throughout the year, while the gonadosomatic index showed an increasing pattern from the first months of the year (dry season), reaching a peak in the second semester of the year. The incidence of mature fish was higher in about the same months as when the gonadosomatic index showed high values. An Lm of 26 cm total length was estimated for both sexes, 27 cm for males and 25 cm for females. Condition factor and gonadosomatic index were associated with several predictors, notably with moon phases. Conclusion: A spatial and temporal signal for the reproductive patterns of L. synagris was found but decoupled from climate seasonality. The reproductive rhythm of L. synagris was related to moon phases as the main environmental cue.

Resumen Introducción: Lutjanus synagris es uno de los peces demersales más comunes en el Caribe colombiano y es de interés para la pesca artesanal, que está en declive. El estudio de sus patrones reproductivos ayuda en la comprensión de su biología, relevante para el estudio general de los peces tropicales. Objetivo: Evaluar el factor de condición y el índice gonadosomático, determinar la incidencia mensual de peces maduros, estimar la longitud promedio de madurez sexual (Lm) y explorar predictores que afectan el factor de condición y el índice gonadosomático del pargo L. synagris. Métodos: Las gónadas de machos y hembras extirpadas fueron clasificadas según su estado de madurez y asociadas a la longitud del pez. El factor de condición y el índice gonadosomático se calcularon con fórmulas estándar. Su dependencia de variables asociadas al clima, espacio geográfico y comportamiento fue evaluada mediante modelos lineales. Resultados: El factor de condición fue estable en el año mientras que el índice gonadosomático mostró un patrón de incremento en los primeros meses (época seca) para alcanzar un máximo el segundo semestre del año. La incidencia de peces maduros fue mayor en los mismos meses en que el índice gonadosomático mostró valores altos. Un Lm de 26 cm longitud total fue estimado para ambos sexos, 27 cm para machos y 25 cm para hembras. El factor de condición y el índice gonadosomático se asociaron con varios predictores, notablemente, con las fases lunares. Conclusiones: Se encontró una señal espacial y temporal en los patrones reproductivos de L. synagris pero desacoplada de la estacionalidad climática. El ritmo reproductivo de L. synagris está vinculado a las fases lunares como principal señal ambiental.

Human disturbance promotes an increasing abundance of shrubby plants in the páramo landscape of Southern Ecuador

Abstract Introduction: The páramo grassland ecosystem is an important center of plant diversity and endemism. However, human activities, such as burning and livestock grazing, are altering the plant composition of the páramos. These changes may be associated with an increase in the abundance of shrubby species and a corresponding decrease in native grass cover. Objective: To evaluate the effects of human disturbance on the composition of woody plant species in páramo habitats. Methods: We conducted 36 transects across the páramo landscape of the Macizo del Cajas Biosphere Reserve in Southern Ecuador between April 2017 and November 2019, recording woody plant species (e.g., bushes and shrubs) along each transect. To explore variations in woody plant composition, we employed non-metric multidimensional scaling, using the proportion of disturbed area, páramo grassland, and elevation as predictor variables. Results: We recorded a total of 13 377 woody plants. The proportion of disturbed areas has an influence on the composition of the woody plant species. Shrubby species such as Diplostephium ericoides, Hypericum quitense, Valeriana microphylla, and Valeriana hirtella are more prevalent in transects with a greater proportion of disturbed areas. Conclusion: There was a greater presence of fast-growing woody plant species in response to human-induced disturbance. This suggests that native herbaceous species are gradually being replaced by woody encroachment, particularly in human-accessible páramos. Conservation and restoration efforts should take this phenomenon into account to prevent the accelerated spread of woody encroachment and enhance the availability of páramo grassland habitats.

Resumen Introducción: El ecosistema de páramo herbáceo es un importante centro de diversidad y endemismo de plantas. Sin embargo, las actividades humanas como el pastoreo y las quemas están alterando la composición de plantas de los páramos. Estos cambios pueden estar asociados a un incremento en la abundancia de especies arbustivas y una menor cobertura de pastizales nativos. Objetivo: Evaluar los efectos de la alteración humana sobre la composición de plantas leñosas en hábitats de páramo. Métodos: Entre abril de 2017 y noviembre de 2019, recorrimos 36 transectos a través del paisaje de páramo de la Reserva de la Biósfera del Macizo del Cajas en el sur de Ecuador, registrando las especies de plantas leñosas (e.g., arbustos y matorrales) a lo largo de cada transecto. Para explorar las diferencias en la composición de las plantas leñosas, usamos un escalamiento multidimensional no métrico, con la proporción en la cobertura de área alterada, páramo herbáceo y elevación como variables predictoras. Resultados: En total, registramos 13 337 plantas leñosas. La proporción de área alterada influye en la composición de las especies de plantas leñosas. Las especies arbustivas como Diplostephium ericoides, Hypericum quitense, Valeriana microphylla y Valeriana hirtella tiene mayor presencia en transectos con un incremento en la proporción de las áreas alteradas. Conclusiones: Hay una mayor presencia de especies de plantas leñosas de crecimiento rápido en respuesta al efecto de la alteración inducida por los humanos. Esta observación sugiere que las especies herbáceas nativas están siendo gradualmente reemplazadas por un engrosamiento con plantas leñosas, particularmente en páramos con acceso humano. Los esfuerzos de conservación y restauración deberían tener en cuenta este fenómeno para evitar una aceleración de la invasión de plantas leñosas y, asegurar la disponibilidad de hábitats de páramo herbáceo.

Ecomorphological and behavioral differences mediating resource partitioning among syntopic stream fish species in the Amazon Rainforest

Abstract Introduction: Generalist trophic strategies and opportunistic feeding habits of nektonic fish species inhabiting oligotrophic streams in the Amazon Rainforest suggest that minor morphological and niche differences can mediate the occurrence of closely related species in sympatry, alleviating interspecific competition for resources. Objective: To analyze the ecomorphology, diet composition, vertical and horizontal habitat use, and foraging behavior of four Characiform species in syntopy, to understand resource partitioning and species coexistence. Methods: From August to October 2011 (dry season), up to 30 specimens of each species were collected from each of eight sampled streams in the Adolpho Ducke Forest Reserve, Amazonas, Brazil, for ecomorphological analyses, with up to 10 of these used for stomach content analysis. Foraging behavior was quantified through underwater observation of vertical and horizontal space use and foraging frequency in the water column. The dietary importance of food items was determined using the Feeding Index (FI i ), and ecomorphological attributes were used to characterize body shape and fin morphology. Results: Differences were detected in foraging behavior and habitat use. Hyphessobrycon. aff. melazonatus predominantly occupied the stream margins, and the other species utilized the channel. Additionally, only H. aff. melazonatus exhibited a difference in stomach content composition. Ecomorphological characteristics showed divergence among species, particularly in body shape, mouth size, and orientation. Conclusions: The combined analysis demonstrated that differences observed here may mediate syntopic coexistence by alleviating interspecific competition through resource partitioning. The system’s sensitivity to anthropogenic impacts and climate change were highlighted on food availability and trophic relations of Amazon stream fishes and underscore the need for headwater stream conservation.

Resumen Introducción: Las estrategias tróficas generalistas y los hábitos alimenticios oportunistas de las especies de peces nectónicos que habitan en arroyos oligotróficos de la selva amazónica sugieren que pequeñas diferencias morfológicas y de nicho pueden mediar la coexistencia de especies estrechamente relacionadas en simpatría, aliviando la competencia interespecífica por los recursos. Objetivo: Analizar la ecomorfología, la composición de la dieta, el uso vertical y horizontal del hábitat, y el comportamiento de forrajeo de cuatro especies de Characiformes en sintopía, para comprender la partición de recursos y la coexistencia de especies. Métodos: Entre agosto y octubre de 2011 (estación seca), se recolectaron hasta 30 especímenes de cada especie en cada uno de los ocho arroyos muestreados en la Reserva Forestal Adolpho Ducke, Amazonas, Brasil, para análisis ecomorfológicos. De estos, hasta 10 fueron utilizados para el análisis de contenido estomacal. El comportamiento de forrajeo se cuantificó mediante observaciones subacuáticas del uso del espacio vertical y horizontal, y la frecuencia de forrajeo en la columna de agua. La importancia dietética de los ítems alimenticios se determinó utilizando el Índice de Alimentación (FI i), y se caracterizaron atributos ecomorfológicos relacionados con la forma del cuerpo y la morfología de las aletas. Resultados: Se detectaron diferencias en el comportamiento de forrajeo y el uso del hábitat. Hyphessobrycon aff. melazonatus ocupó predominantemente las márgenes de los arroyos, mientras que las otras especies utilizaron el canal. Además, solo H. aff. melazonatus mostró una diferencia en la composición del contenido estomacal. Las características ecomorfológicas mostraron una divergencia entre las especies, particularmente en la forma del cuerpo, el tamaño y la orientación de la boca. Conclusiones: El análisis combinado demostró que las diferencias observadas pueden mediar la coexistencia sintópica al aliviar la competencia interespecífica mediante la partición de recursos. Se destacó la sensibilidad del sistema a impactos antropogénicos y al cambio climático en la disponibilidad de alimentos y las relaciones tróficas de los peces de arroyos amazónicos, subrayando la necesidad de conservar los arroyos de cabecera.

Histomorphometry of the gastrointestinal tract of the fish Pseudoplatystoma magdaleniatum (Siluriformes: Pimelodidae)

Abstract Introduction: Pseudoplatystoma magdaleniatum, commonly known as striped catfish, is an endemic species of the Magdalena River basin, characterized by its large size and high commercial value. Given its critical endangerment due to overfishing, understanding its gastrointestinal tract morphology is crucial for conservation efforts and management in fish stocking programs. Objective: To characterize the morphology, histology, and histochemical qualities of the gastrointestinal tract of P. magdaleniatum, an endemic fish species in the Magdalena River basin, Colombia. Methods: Measurements of body height and weight of 22 captured adult individuals were taken, as well as of the organs comprising the digestive tract (esophagus, stomach, and intestine), and accessory and glandular organs (liver and gonads). Histological techniques, such as Hematoxylin and Eosin staining, were performed to characterize the organs structurally. Histochemical techniques were employed to describe the dynamics of mucins, and transmission electron microscopy was used. Results: The stomach and intestine exhibited four layers: mucosa, submucosa (absent in the esophagus), muscular, and serosa. The esophagus, with only three layers, was characterized by the presence of stratified squamous epithelium with goblet cells, club cells, and taste buds. Neutral mucins were detected along the esophagus, while acidic mucins were observed in the cranial and middle regions. The stomach featured a simple columnar epithelium with abundant gastric glands and exclusively neutral mucins. Finally, the intestine was characterized by a mucosal tunic of simple cylindrical epithelium composed of enterocytes and goblet cells, abundant folds, and the presence of sulfated and carboxylated neutral and acidic mucins. Conclusions: P. magdaleniatum exhibited a relatively short intestine for its size and weight. The histology of the gastrointestinal tract further supports adaptations for a protein-rich diet. These findings provide valuable insights for understanding the digestive physiology of this endangered species, which may inform conservation efforts and management strategies.

Resumen Introducción: Pseudoplatystoma magdaleniatum, comúnmente conocido como bagre rayado, es una especie endémica de la cuenca del río Magdalena, caracterizada por su gran tamaño y alto valor comercial. Dada su crítica amenaza debido a la sobrepesca, comprender la morfología de su tracto gastrointestinal es crucial para los esfuerzos de conservación y manejo en programas de repoblación de peces. Objetivo: Caracterizar la morfología, histología e histoquímica del tracto gastrointestinal de P. magdaleniatum, una especie de pez endémica en la cuenca del río Magdalena, Colombia. Métodos: Se capturaron 22 individuos adultos y se tomaron medidas de altura y peso corporal, así como de los órganos que componen el tracto digestivo (esófago, estómago e intestino), y órganos accesorios y glandulares (hígado y gónadas). Se realizaron técnicas histológicas, como tinción de Hematoxilina y Eosina, para caracterizar estructuralmente los órganos. Se emplearon técnicas histoquímicas para describir la dinámica de las mucinas, y microscopia electrónica de transmisión. Resultados: El estómago e intestino exhibieron cuatro capas: mucosa, submucosa (ausente en el esófago), muscular y serosa. El esófago, con solo tres capas, se caracterizó por la presencia de epitelio escamoso estratificado con células caliciformes, células en copa y botones gustativos. Se detectaron mucinas neutras en el esófago, y las mucinas ácidas se observaron en las regiones craneal y media. El estómago presentaba un epitelio columnar simple con abundantes glándulas gástricas y mucinas neutras. Finalmente, el intestino se caracterizó por una túnica mucosa de epitelio cilíndrico simple compuesto por enterocitos y células caliciformes, pliegues abundantes y la presencia de mucinas neutras y ácidas sulfatadas y carboxiladas. Conclusiones: P. magdaleniatum mostró un intestino corto en relación con su tamaño y peso. La histología del tracto gastrointestinal respalda las adaptaciones para una dieta rica en proteínas. Estos hallazgos proporcionan valiosas ideas para comprender la fisiología digestiva de esta especie en peligro de extinción, lo que puede informar los esfuerzos de conservación y las estrategias de manejo.

Phenotypic differences in sun and shade leaves of Monstera deliciosa (Araceae)

Abstract Introduction: Leaves are among the most plastic organs in plants, and their structure, while shaped by phylogeny, can show considerable phenotypic plasticity within a species in response to environmental gradients. Monstera deliciosa, a tropical hemiepiphytic vine known for high leaf heteroblasty, adapts to diverse light conditions. This makes leaf structure a useful proxy for assessing whole-plant resource allocation strategies and adaptations to environmental changes. Objective: To measure the morphological and structural differences in sun and shade leaves using nine leaf traits (petiole length, leaf width and length, effective leaf area, fenestrated area, leaf perimeter, lobulation ratio, stomatal density, and specific leaf area -SLA-). Methods: We selected 20 widely separated M. deliciosa plants on the University of Costa Rica campus in 2022, positioned in contrasting sun and shade conditions, and measured one mature leaf per plant (ten per light environment). Results: Sun leaves had higher fenestrated area, perimeter, and stomatal density, suggesting structural adaptations to high light. These traits may enhance thermal regulation by facilitating heat dissipation. Sun leaves had lower SLA, indicating thicker, denser leaves better suited to high light and wind exposure. Lobulation ratios (leaf dissection) were not different between sun and shade conditions. A principal component analysis explained 82.88% of the variation in the leaf traits, with 39 % of the variation attributed to fenestrated area, leaf perimeter, and effective leaf area. Correlation analyses showed that fenestrated area, perimeter, and stomatal density were positively associated (and negatively related to SLA), emphasizing the functional convergence of these traits, adapting the leaf phenotype to light differences. Conclusions: M. deliciosa modulates leaf morphology and structure to adapt to distinctive light conditions, with fenestration, stomatal density, and SLA emerging as crucial traits. These findings underscore the significance of environmental differences in driving leaf shape and structure.

Resumen Introducción: Las hojas se encuentran entre los órganos más plásticos de las plantas, y su estructura, aunque influenciada por la filogenia, puede mostrar una notable plasticidad fenotípica dentro de una misma especie en respuesta a gradientes ambientales. Monstera deliciosa, una trepadora tropical hemiepífita conocida por su alta heteroblastia foliar, se adapta a diversas condiciones de luz. Esto convierte a la estructura foliar en un indicador útil para evaluar las estrategias de asignación de recursos de toda la planta y sus adaptaciones a los cambios ambientales. Objetivo: Medir las diferencias morfológicas y estructurales entre hojas de sol y sombra utilizando nueve rasgos foliares (longitud del pecíolo, ancho y largo de la hoja, área foliar efectiva, área fenestrada, perímetro de la hoja, índice de lobulación, densidad estomática y área foliar específica -AFE-). Métodos: Seleccionamos 20 plantas de M. deliciosa ampliamente separadas en el campus de la Universidad de Costa Rica en 2022, ubicadas en condiciones contrastantes de sol y sombra, y medimos una hoja madura por planta (diez en cada ambiente de luz). Resultados: Las hojas de sol presentaron mayor área fenestrada, perímetro y densidad estomática, lo que sugiere adaptaciones estructurales a la alta luminosidad. Estos rasgos podrían mejorar la regulación térmica al facilitar la disipación de calor. Las hojas de sol presentaron menor AFE, lo que indica hojas más gruesas y densas, mejor adaptadas a la exposición a la luz intensa y al viento. La proporción de lobulación (grado de disección de la hoja) no mostró diferencias en hojas de sol y sombra. El análisis de componentes principales explicó el 82.88% de la variación en los rasgos foliares, con el 39% de la variación atribuida al área fenestrada, perímetro de la hoja y área foliar efectiva. Los análisis de correlación mostraron que el área fenestrada, el perímetro y la densidad estomática estuvieron positivamente asociados (y negativamente relacionados con el AFE) como adaptación del fenotipo foliar a las diferencias de luz. Conclusiones: M. deliciosa ajusta la morfología y estructura foliar para adaptarse a condiciones lumínicas extremas, con la fenestración, densidad estomática y SLA como caracteres clave. Estos hallazgos resaltan la importancia de las diferencias ambientales en determinar la forma y estructura de las hojas.